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在官方资料中，萨达姆共有三名妻子。1963年，他在埃及流亡时，迎娶叔父女儿Sajida Talfah，两人早已萨达姆5岁时已订下婚约。他们育有两子三女，包括Uday Saddam Hussein及Qusay Hussein，以及女儿Rana、Raghad及Hala。在父亲操控下，Uday掌握伊拉克媒体；Qusay则带领共和军，他同时被视萨达姆政权的继承人。
除了Sajida外，他亦娶了两名妻子。1986年，他迎娶已婚之妇Samira Shahbandar，育有一子Ali，之后再娶Nidal al-Hamdani，外界均指两人的丈夫是被迫离婚。
不过，在萨达姆往后生涯中，家庭的割裂越见明显。1995年8月，女儿Rana与夫婿Hussein Kamel，以及Raghad与丈夫Saddam Kamel，一同带同子女逃往约旦。事后，萨达姆承诺会原谅他们，要求他们回国，但1996年2月，当他们回国第三天，两名女婿被部族成员指责为叛国贼，将他们击杀。萨达姆事后指虽然已原谅他们，但他们已被褫夺所有地位及不会受到保护。
1996年12月12日，萨达姆妻子Sajida及Raghad和Rana涉嫌参与暗杀Uday而遭软禁。事件中，Sajida的兄弟Adnan Khairallah据传杀处决，他本身亦是萨达姆的同年挚友。
