主要是临床经验、史书记载、亲自实验、询问百姓等。
提供几个小故事我想你看了就明白了：
李时珍为了修改本草书，对各种医书上的不同记载进行调查研究，为了搞清形态相似的苹、水萍、萍逢草，曾到家门口的雨湖，还到较远的马口湖、沿市湖、赤东湖进行采集，耐心观察比较，终于纠正了本草书上的长期混乱。
为了搞清白花蛇的形态，验证书本记载，李时珍来到了蕲州城北的龙蜂山捕蛇(白花蛇为蕲州特产)，只听得有人唱道：“白花蛇，谁叫尔能辟风邪，上司索尔急如火，州中大夫只逼我，一时不得皮肉破”。随着歌谣而来的是几个肩背竹篓的捕蛇人，他们正朝着几棵石楠藤走去，据说白花蛇爱吃石楠藤的叶，所以石楠藤也就成了白花蛇的“家”，日夜盘缠在石楠藤上。捕蛇人发现白花蛇后，立即从地上捞起一把沙土，对准白花蛇撒去，说来也奇，白花蛇遇到沙土，真象面粉遇水一样，缩成了一团，捕蛇人立即上前用木叉往白花蛇的颈部叉去，另一手抓住蛇体的后部，这时白花蛇再也施不出威力来了。李时珍定前去仔细观察了白花蛇的形态，只见蛇头大似三角形，嘴里长着4只长牙，背上有24块斜方格，腹部还有斑纹，与一般的蛇，确实不一样。接着，捕蛇人格蛇挂在路旁的小树上，用刀剖其腹，去其内脏，盘曲后装进了竹篓筐，据说，将蛇烘干后，才能当药用。李时珍记录了捕蛇过程中的每一个细节活动，不仅补充了本草书，也为后来编写《白花蛇传》，提供了重要材料。几年后，李时珍又根据白花蛇的祛风特性，制成了专治半身不遂中风症的“白花蛇酒”。据现代药理分析，证明白花蛇的提取物，具有镇静、镇痛，扩张血管和降压作用。
穿山甲又叫鲮鲤，根据陶弘景著《本草经集注》的记载，穿山甲是一种食蚁动物，它“能陆能水，日中出岸，张开鳞甲如死状，诱蚁入甲，即闭而入水，开甲蚁皆浮出，围接而食之。”穿山甲的生活习性果真是这样吗?为了弄清这个问题，李时珍跟随猎人进入深山老林，进行穿山甲解剖，发现该动物的胃里确实装满了未消化的蚂蚁，证明了本草书的记载是正确的。但李时珍发现穿山甲不是由鳞片诱蚁的，而"常吐舌诱蚁食之。"他修订了本草书上关于这一点的错误记载。同时他又在民间收集了穿山甲的药用价值，记载了一段"穿山甲、王不留，妇人食了乳长流"的顺口溜。
有人说，北方有一种药物，名叫蔓陀罗花，吃了以后会使人手舞足蹈，严重的还会麻醉。李时珍为了寻找曼陀罗花，离开了家乡，来到北方。终于发现了独茎直上高有四、五尺，叶象茄子叶，花象牵牛花，早开夜合的蔓陀罗花，他又为了掌握蔓陀罗花的性能，亲自尝试“乃验也。”并记下了“割疮灸火，宜先服此，则不觉苦也”。据现代药理分析，蔓陀罗花含有东莨菪碱，对中枢神经有兴奋大脑和延髓作用，对末梢都有对抗或麻痹副交感神经作用。
李时珍在做蔓陀罗花毒性试验时，联想到本草书上关于大豆有解百药毒的记载，也进行了多次试验，证实了单独使用大豆是不可能起解毒作用的，如果再加上一味甘草，就有良好的效果，并说：“如此之事，不可不知”。
李时珍不仅对植物药、动物药进行仔细的调查、观察，对矿物药也做了不少调查工作。他曾到过铜矿、铅矿、石灰窑等地进行调查研究。根据本草书的记载，铅是无毒的物质。李时珍为了了解铅的性能，深入矿区，见到矿工们的艰苦工作条件，写道：“铅生山穴石间，人挟油灯入至数里，随矿脉上下曲折砍取之”通过对矿工们的健康调查，认识到铅是有毒物质，“性带阴毒，不可多服”。同时又掌握了铅中毒会引起中毒性肝炎而出现黄疸症状。“若连月不出，则皮肤萎黄，腹胀不能食，多致疾而死”。
“水银”据以前本草书记载，言无其毒；言其久服神仙；言为长生不老之药。确有其事吗?李时珍通过调查，认识到水银是由丹砂加热后分解出来的(“汞出于丹砂”)；水银和琉黄一起加热，可以变成银朱(硫化汞)；水银加盐等，又可以变成另一种物质，名叫轻粉(氯化汞)。由此，他记述水银是一种“温燥有毒”的物质。“若服之过剂”“则毒被蒸窜入经络筋骨”，“变为筋挛骨痛，发为痈肿疳漏，或手足破裂，虫癣顽痹，经年累月，遂成疾癌，其害无穷。"李时珍又根据六朝以来久服水银而造成终身残废的历史事实，驳斥了久服水银可以长生不老的无稽之谈，并写道："方士固不足道，本草其可妄言哉。”
李时珍是一个富有求实精神的医药家；为了完成修改本草书的艰巨任务，他几乎走遍了湖北省、湖南、江西、安徽、江苏等地的名川大山，行程不下万里。同时，他又参阅了800多家书籍，经过3次修改稿，终于在6l岁(公元1578年)的那年，编成了《本草纲目》。后来又在他的学生、儿子、孙子的帮助下，使《本草纲目》更加完整，更加精美。《本草纲目》包含着李时珍将近30年的心血，记录着李时珍饱尝苦辛的艰难历程。
