第一部：贵妃棺 其实天龙太子不是皇上的儿子，是一个宫女的孩子，当年为了救柔妃（凝香的母亲），自己藏身火海，死了以后，生下天龙，皇上以为是自己的儿子。太子知道真相以后，把皇上给毒残了，把铁生、凝香他们给关了起来，铁生逃了出动，凝香为了救母亲和皇上不得以答应与太子成亲，成亲当天阿南也被太子杀了，铁生返回来救凝香，反被太子设计抓住了，要铁生与自己搏斗，他们比赛时，皇上的弟弟冲进宫中救出了皇上。太子在和铁生比赛时，被突然冲出的雨姗扑下台两人同归于尽了，皇后也自杀了，凝香陪着母亲去找师公冶病了。
第二部：古井奇冤 当年郑宽对喜鹊父母行凶时，曾被当时年仅十岁的阿祥亲眼目睹，并将御医夫妇的两岁女儿从郑宽的追杀中救离。事过境迁，小女孩已长大成人，正是喜鹊，只是阿祥为免喜鹊受到伤害，对其身世始终不肯多提。直到十四年后，郑宽来到竹山，又勾起了阿祥的危机意识。然阿祥不断回避与郑宽接触的同时，喜鹊却好管闲事地不断与诈骗行医的郑宽纠缠周旋。郑宽终于知道阿祥就是当年在行凶过程中，携同死者女儿逃走的那名小男孩，于是设计加害，将其灭口，阿祥听了铁生的话，将计就计假死，可喜鹊不知道，去找郑宽拼命，被郑宽抓起，要把她的心挖出来换给身染重病的玉凤，幸好被其姐姐所救，而郑宽和董太师在铁生所找的证据加上玉凤出面作证也认罪服法了。
郑宽和董太师被铁生判断死刑。喜鹊和姐姐还有阿祥搬回自己的宅子。
第三部：龙雀配 宋室皇帝微服私访，密谋夺权的王爷封锁消息，企图置皇帝于死地，王爷指使太监崔浩勾结水寇混江龙，劫了贡船，混乱之中，皇帝负伤，被俞慧心所救，二人产生了情愫，慧心却不知道自己所救的人是皇上，贡船在竹山县被劫，身为竹山县令的杭铁生责无旁贷，也与凝香，彦青等展开艰难的侦察。皇帝失踪，王爷派了女杀手寒星接近凝香，伺机行刺皇帝。
杭铁生面对空前的压力，亲自乔装打入水寇内部，赢得了混江龙的信任，终于发现贡船被劫是有内奸提供线索，杭铁生等人为了追查内奸，又开始了新的行动。
与此同时，在京城的王爷，却遭到大臣严峰的挑战，严峰得到妃子梅妃协助，揭穿了王爷封锁皇上微服出巡的阴谋，严峰亲自赶赴竹山，协助杭铁生侦破太监崔浩的真面目，生擒了寒星。贡船一案破了，严峰取代不称职的宰相。
皇帝回到宫中，大摆宴席庆祝，席中，皇帝赏赐有功的梅妃一颗夜明珠，就在众人赞叹之际，灯火全熄，夜明珠被人盗走了，现场只留下一枝梅花。
皇帝大怒，派大内总管包大海缉令一枝梅，包大海是个草包，凡是叫一枝梅的都抓了起来，竹山有个琴师也叫一枝梅，也因此入狱。杭铁生觉得此案有很多可疑之处，尽在大内，便将计就计，故意制造一枝梅已死的假相，赶到京城，在皇宫中展开了新的侦察行动。夜明珠曲折离奇，神秘怪异，王爷兴风作浪。杭铁生追查下去，赫然发现，夜明珠一案的背后ㄒ隐藏著一个皇妃调包案，现在这个梅妃其实是假的，而一手包办这件大逆不道之事的却是严峰，竹山贡船一案，铁生与严峰早成莫逆之交，严峰任宰相之，更是政绩蜚然，朝中少数能与王爷对抗的忠正之人，要不要为这个小案而毁了国家栋梁？杭铁生陷入痛苦的抉择之中，最后，他认识了国家栋梁是国法，终于不顾凝香等人反对，判了严峰死刑。严峰临死之前也跟王爷同归于尽，为国除了害。
梅妃自杀了，严峰和王爷也同归于尽了。
