2004年，意扩军到20支球队，并且提出了5+1的升级制度，乙级联赛前五名自动升入甲级，乙级联赛第六名与甲级联赛倒数第四名争夺最后一个意甲席位。而2003-2004赛季意乙第六名是佛罗伦萨，意甲倒数第四则是佩鲁贾，结果佛罗伦萨客场以1比0，主场1比1的比分淘汰了佩鲁贾。
2005/06赛季佩鲁贾本来是已经从意乙升到意甲，但因为涉及假球案和热那亚等队一起被发配到了意丙。由于实力不济，本赛季依然没能够升级。俱乐部主席高奇因为诈骗破产案而躲在与意大利没有引渡条例的多米尼加共和国。失去了财力支持，佩队升级谈何容易。
当年佩鲁贾可是意甲一支比较有个性的劲旅，最经典的就是2000/01赛季著名的“佩鲁贾雨战”，在联赛最后一轮把尤文图斯拉下马，成就了拉齐奥的冠军梦。
前几年佩鲁贾培养出很多球星，比如今年世界杯上大红大紫的马特拉齐，还有泽.马里亚、布拉西、弗里扎斯、德拉斯、洛卡特利、中田英寿、安贞焕都出自佩鲁贾。我国球员马明宇还曾短暂效力该队。
