新疆建省于清光绪10年（1884年）。建省前，一直称“西域”。“西域”起源于西汉宣帝神爵2年（公元前60年）汉政府在此设立的“西域都护”。
清朝改“西域”为“新疆”有其特殊用意。
清时，“新疆”一词本是个普通名词，并非专指西域地区，而是经过百多年的历史演变的过程的。
清代，北方的蒙古喀尔喀部、西北的厄鲁特蒙古各部和回部、西南的藏族各部虽已向清朝纳贡，接受封册，但各地各首领仍保持世袭统治权力而继续割据一方。乾隆22年（1757年），清朝平定了准噶尔部，24年（1759年）又平定了回部，始设伊犁将军、乌鲁木齐都统等进行管理，于是，西域统一于清朝，重新处于中原统一王朝的直接管辖之下，结束了当地民族首领世袭故居的局面。由于西域各地统一于清朝的时间比东北、西南地区要晚一些，故清朝统治者有时就泛指西域地区为“新疆”或“西域新疆”。
“新疆”是相对“旧疆”而言的。在清朝满族统治者的习惯中，一直就有把最早归并于自己的民族和地区称之为“新”的先例，如把东北地区满族各部统一后，对边疆的墨尔哲勒等部归附较晚，则被称为“新满州”。清统治者还有个习惯，即把由当地民族首领世袭统治的各民族聚居地区分别用当地民族的族名加一个“疆”来表示，如对西南的川、贵、滇、桂、湘一带的苗族等称为“苗疆”，对西北天山以南信仰伊斯兰教（当时称“回教”）的维吾尔族聚居区称为“回疆”，对天山以北准噶尔部聚居地区称为“准疆”。在这些民族部落聚居地区统一于清的直接统治之下，归土归流，废除了该地民族首领的世袭统治，而改为中央政府可随时任免、不断更换的“流官”来管理的制度后，就把这些地区称为“新疆”，而称以前半割据式的“土官”世袭统治地区和清朝较早统一的地区称为“旧疆”，如将西北地区的哈密、巴里坤、奇台、吐鲁番等清朝称为“我朝旧疆”，在此以北的原准噶尔辖地则称为“准噶尔旧疆”（见《皇舆西域图志》卷9《疆域》卷22《山》）。
现在的川、贵、滇、桂、湘等省的一些苗族聚居的民族地区也曾被称为“苗疆”和“新疆”。
乾隆皇帝曾在一圣谕中说：“汉时西域塞地极广，乌鲁木齐及回子诸部落皆曾屯戍，有为内属者。唐朝开府，扩地及西北边。今遗址久烟”（见《清高宗实录》卷482），正是说明清“本朝”的文治武功迈越前古，“远轶汉唐而上”（见《皇舆西域图志》卷8）。
嘉庆末年，徐松编纂的《西陲要略》，被皇帝亲自作序，并赐名《钦定新疆识略》，这是清统治者正式用“新疆”一词作为地名代替“西域”一词的发端，也就是说，在这个时候，“新疆”一词正式由一普通地名变成专指现在的新疆维吾尔自治区一带的专用名词。
同治3年（公元1864年），沙俄侵略中国西北边疆，并强迫清政府签定了《中俄勘分西北界约记》，割占了中国西北边疆44万平方公里的领土，其后，并有中亚浩罕阿古柏等的入侵新疆，清政府发军队在左宗棠、刘锦棠的率领下收复了新疆，并奏请皇帝在新疆改行省制，1884年，正式建立新疆省。新疆省的建制一直到1955年成立新疆维吾尔自治区止，新疆这一名称一直沿用至今。
