芽孢(spore)某些细菌生长的一定阶段，在细胞内形成一个圆形、椭圆形或柱形的休眠体。由于它位于细胞内，为区别放线菌、霉菌等形成的分生孢子，故又称内生孢子(endospore)。芽孢有厚而致密的壁，不易着色，用电镜观察可见，成熟的芽孢具多层结构(图3)。芽孢形成的位置、形状、大小因种而异，是分类鉴定的重要依据之一(图4)。产生芽孢的杆状细菌主要有芽孢杆菌属(Bacillus)、梭状芽孢杆菌属(Clostri-dium)和芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus)；球菌中产芽孢的仅芽孢八叠球菌属(Sporosarcina)。形成芽孢需要一定的外界条件，这些条件因菌种而异。例如炭疽芽孢杆菌在有氧(O2)条件下才能形成芽孢，而破伤风芽孢杆菌则在无氧条件下形成芽孢。芽孢对恶劣环境条件有很强的抵抗能力，尤其耐高温。如肉毒梭状芽孢杆菌的芽孢，在沸水中可存活6小时，在180℃的干热中，10分钟仍可存活。在一定条件下，芽孢保持活力数年至数十年之久。高温灭菌的主要目的就是杀死细菌的芽胞。芽孢在适宜条件下萌发成新个体，但一个芽孢只产生一个营养体，所以芽孢不是一种繁殖方式。对细菌芽孢知识的了解，在科研和生产上都十分必要。
孢子是植物所产生的一种有繁殖或休眠作用的细胞，能直接发育成新个体。孢子一般微小，单细胞。由于它的性状不同，发生过程和结构的差异而有种种名称。植物通过无性生殖产生的孢子叫“无性孢子”，如分生孢子、孢囊孢子、游动孢子等；通过有性生殖产生的孢子叫“有性孢子”，如接合孢子、卵孢子、子囊孢子、担孢子等；直接由营养细胞通过细胞壁加厚和积贮养料而能抵抗不良环境条件的孢子叫“厚垣孢子”、“休眠孢子”等。孢子有性别差异时，两性孢子有同形和异形之分。前者大小相同；后者在大小上有区别，分别称大、小孢子，并分别发育成雌、雄配子体，这在高等植物较为多见。
