《藤野先生》这篇散文，1926年10月12日写于厦门大学。它主要记叙了1904年夏末至1906年初春作者在日本留学时的一段学习与思想经历，重点回忆了与这段经历有重要关系的藤野先生。
1902年3月，22岁的鲁迅为了寻求救国救民的真理，离别祖国，到日本留学。1904年8月入仙台医学专门学校学医。他想用医学“救活像我父亲似的被误的病人的疾苦，战争时候便去当医”，为反压迫、反侵略的斗争出力；还想以医学作为宣传新思想的工具，启发人们社会改革的信仰，达到改造国家的目的。但是，现实的教育，使他终于认识到“医学并非一件紧要事”，重要的是改变人们的精神，于是1906年秋便弃医从文，离开仙台去东京，决定用文艺唤醒人民，使祖国富强起来。鲁迅在仙台医专学习期间，结识了藤野先生，并建立了深挚的情谊。
鲁迅与藤野先生分别20年后的1926年，正值中国第一次国内革命战争进入高潮的时期，也是鲁迅世界观发生伟大飞跃的前夜。这年秋天，在反动军阀及其御用文人的迫害下，鲁迅离开北京，来到厦门。他在一封信中曾说：“我来厦门，虽是为了暂避军阀官僚‘正人君子’们的迫害，然而小半也在休息几时，使有些准备。”所谓“休息”和“准备”，乃是回顾自己走过的革命路程，清理和解剖自己的思想，总结斗争经验，以迎接新的更大的战斗。《藤野先生》就是这时在厦门大学图书馆楼上写成的。