酒曲植物的发现与利用，在酒业生产史上有着极其重要的意义，根据各民族酒曲来历的创世史诗和神话传说，各民族群众中，发现酒曲的人多是猎人或从事农耕的男性先祖，因此，可以认为，有意识地采集、挖掘能诱导食物酵化成酒的植物，应在母系氏族晚期或父系氏族社会形成以后。
流传于云南彝族社会的彝文典籍《万事万物的开端》说，彝族祖先色色帕尔从馊饭中悟出了酿酒的道理，但他为寻找酒药却献出了毕生的精力，最终仍没有获得成功，后来是他的徒弟火洛尼咎继续努力，依靠集体的智慧和力量，最后才找到会成酒曲的草本原料及合成办法。酒曲不是一朝一夕由某一人发现的，而是在漫长的生产实践中逐步摸索总结出来的。歌谣以极其优美的语言，创造了一种既艰辛曲折又富有诗情画意的境界，在历数发现酒药的艰难曲折时，表达了对酒的由衷赞美，也揭示了彝族先民们“劳动创造美好、劳动创造生活”的古朴思想观念。歌谣提出“做酒曲要用十六种草药”。流传于云南禄劝、武定一带的彝文古籍《根本·酒药歌》则认为，做酒曲的草药共有十二种，并且指出类别，说明制作酒曲的办法。
我国古代少数民族中流传着嚼米酿酒法。《魏书·勿吉传》载：当时的“失韦”人能够“嚼米酝酒，饮之能醉。”《稗海纪游》载，台湾高山族，“其酿酒法，聚男女老幼共嚼米，纳筒中，数日成酒，饮时入清泉和之。”“嚼米成曲”，是一种较为落后的酒曲制作方法。
宋元以来，少数民族聚居地云南的酿酒业取得了长足发展，尤其水酒的民间酿制饮用已十分普遍。元初，意大利旅行家马可·波罗历滇，在其《马可·波罗游记》中，多次提到云南酿酒业的生产及消费状况。这表明，滇中各族群众对酒曲的利用已达到了很熟练的程度。明代，民间出现了专事酒药配制的人。著名旅行家徐霞客漫游云南山水，沿茶马古道，由今云南楚雄的南华县进入大理的祥云县境内，“下山过一村，北向二里，逾一坡，又二里，过一小海子，其北岗上有数家，曰酒药村”。酒药村，其地今已不详，但以酒曲为村名，可推测当时即开始了一定规模的酒曲商品化生产。
明清以后，随着植物医药学的发展，少数民族对用以配制酒曲的植物的认识逾加深入，许多民族已能根据酿酒的原料，通过调整酒曲中某种植物成份的比例，来酿制和调配不同品味、不同色泽的酒，以适应不同的饮用要求。
云南怒江的僳僳族以苦草(即龙胆草)为主要原料配制酒曲，做法是将苦草舂碎捏成团，在甑子里蒸透，捂在竹筐中数日，发酵后即成酒曲。与僳僳族相同，碧罗雪山、高黎贡山一带的怒族也喜饮烈酒，并且较早就掌握了制造优质酒曲的方法。怒族配制酒曲的主料是玉米面和苦草，先把玉米舂成粉状、把苦草捣碎，将玉米面和苦草粉盛在土锅中，倒入冷水浸泡一天一夜，用泡出的红色并带有苦味的水汁把玉米面搅匀成半流体状，搓成鸡蛋大小的药团，在竹筐铺上米糠，把药团分层放在竹筐里，层与层之间再撒上米糠，以防沾连，最后把竹筐放置在火塘附近，待其发酵后取出用火烘干即可。承担以上工作的人，都是怒族妇女。
各少数民族制作酒曲的原料因地域、民族的差异而有所不同。拉祜族把柴胡、香树皮、香蕉皮、桔子皮、草根、带辣味的某些植物的秸秆和果实等和在一起，用铁锅炒熟并煮一夜后，晾干、舂碎，再掺入老酒药，藏捂在稻草中，密封发酵即成酒曲。藏族的酒曲另具特色：采用一种叫“木都子格”的植物，拌以鱼、山羊、野牛等动物的胆汁，碾成粉末，再加人面粉和少许凉水捏成饼，用细绳串在一起，挂在屋墙上，风干即成。彝族配制酒曲用料最多，所选配料，能根据酿酒的原料、季节以及酿酒人对酒的品味和色泽的偏好，在酒曲原料的选择、比例和配制程序作适当的调整。彝族配制的土酒曲中常用的成份有：酒药花、柴桂叶、地门冬、天门冬、马风头、黄蜂、小松根、老母猪耳朵草、山萝卜、小黄苓、穗呆子花、龙胆草、山薄荷、草乌、辣椒、麦芽、老母猪辣杆、乱头发、小青草、绿藤、苦草、黄萝尾、马鞭稍、山胆参、何首乌、小毛竹、红地芋、红天麻、地草果、蜂蜜、蜂包壳、麦面、荞面、玉米面。也有少数民族对酒曲的认识与利用起步较晚。如深居深山老林的拉祜族苦聪人虽然有长期的酿酒历史，但却不能配制酒曲，直到本世纪50年代，仍靠交换关系，用兽皮、熊胆、野三七等林产品向周边的汉族、哈尼族换取酒曲，酒曲也因稀缺而成为苦聪人生活中的贵重物品，甚至在祭祖敬神时也用酒曲表达心意。这种状况，是各民族间发展不平衡的表现。
