注册表是一个非常宠大的数据库，WIN 95/98系统的注册表文件由YSTEM.DAT和USER.DAT两个文件组成，而WIN NT和WIN 2000系统是多用户操作系统，其注册表文件比WIN 95/98要复杂得多，按功能来分，也是由系统注册表文件和用户注册表文件两类组成的
WINDOWS 95/98系统的注册表文件由SYSTEM.DAT和USER.DAT两个文件所组成的：
SYSTEM.DAT：包含了计算机特定的配置数据，如硬件和设备驱动程序的有关信息。
USER.DAT：包含了用户特定的数据，如桌面设置信息。
备份文件SYSTEM.DAT和USER.DAT：它们是WINDOWS 95系统对SYSTEM.DAT和USER.DAT的备份文件。 WINDOWS 95系统是用注册表检查器对注册表进行备份的，结果存为CAB类型的文件。
WINDOWS NT注册表文件分为系统文件和用户文件两类。系统设置和缺少用户配置数据存放在系统\WINNT\SYSTEM32\CONFIG文件夹下的7个文件DEFAULT、SAM、SECURITY、SOFTWARE、USERDIFR和NTUSER.DAT里，其中每个用户的配置信息存放在系统\WINNT\Profiles\用户名\NTUSER.DAT文件中。CONFIG文件夹下的其他文件是注册表的附属文件，*.LOG和*.EVT文件是注册表时间查看器文件，*.SAV是上一次正确引导的部分配置数据文件的备份文件。
注册表文件是Windows 2000操作系统的核心与灵魂，存储和管理着整个操作系统、应用程序的关键数据，是整个操作系统中最重要的一部分。
WINDOWS 2000操作系统系列均是以WINDOWS NT内核为基础开发设计的，在WINDOWS 2000系统家族中不再沿用WINDOWS 95/98桌面系统的注册表结构，其注册表结构都与WINDOWS NT系统注册表结构相似，且文件结构和数据存储、访问方式均采用WINDOWS NT 4.0所提供的方式。
WINDOWS 2000的存储方式也可以分为系统文件和用户文件两种。系统设置和缺省用户配置数据存放在系统\系统文件夹\SYSTEM32\CONFIG文件夹下的6个文件DEFAULT、SAM、SECURITY、SOFTWARE、USERDIFF和SYSTEM中。每个用户的配置信息存放在系统所在磁盘的\Documents and Setting\文件夹中。
