中国有裸子植物11科、42属、243种，其中药用种类有10科、27属、126种：包括13个变种、4个变型。目前，只有引进的南洋杉科中尚未见药用记载，其余各科均含药用植物。
裸子植物药用资源近80％的种属于针叶树种，其中最重要的是松科。中国有松科植物10属、113种、29变种，药用种数占40％。松属是个较大的属，含20种药用植物，主要有油松、马尾松、红松、白皮松和云南松等。本科其他属的主要药用种有冷杉、臭冷杉、油杉、落叶松、白扦、铁杉，以及中国特有的金钱松（土荆皮）和水松等。
柏科中中国有8属、29种、7变种，其中药用资源以圆柏属居多，共有10种，1变种，主要有圆柏、叉子圆柏和兴安圆柏，以及柏木、朝鲜崖柏、刺柏等。柏科的常用药材为侧柏和松花粉等。
三尖杉科中许多种都含抗癌活性物质，近年来颇受关注。中国有三尖杉科植物：属10种，均可药用，主要有三尖杉、中国粗榧、海南粗榧和台湾粗榧等。
红豆杉科中常用药材种为榧（榧子），其他可供药用的有东北红豆杉。南方红豆杉（血榧）、云南红豆杉和穗花杉等。杉科和罗汉松科中的药用种较少，主要有罗汉松、百日青、杉木、柳杉及中国珍贵的子遗植物水杉等。
裸子植物的4个非针叶类型的科中，麻黄科的药用种最多，共有11种、3变种、1变型。其中，草麻黄、中麻黄和木贼麻黄为药典收载种，属于地方习用品的有丽江麻黄、山岭麻、单子麻黄、双穗麻黄和藏麻
