澎湖镇又名澎湖水师镇为台湾清治时期之台湾建省後，于1886年建立的台湾澎湖地区最高军事单位，其主官为澎湖镇总兵官（或称澎湖镇总兵、澎湖水师镇总兵）。澎湖镇的建立与中法战争中，俗称西仔反的台湾相关战事有极大关系。因为在此战役末期中，法国将领孤拔轻易攻占澎湖。
前身为澎湖水师协﹔为了加强台湾海峡兵力而升格的澎湖水师镇，约共配置有步兵12营，炮兵2营，海军1营，兵力大约在四千名至五千名上下，1887年兴建完竣的镇衙门则设於马公城内。而1886年起，至1895年5月乙未战争爆发﹔日本广岛混成支队攻下澎湖为止，澎湖总兵共历任了吴宏洛、王芝生、张其光与周振邦等四人
事实上，早於1721年，清朝政府因应朱一贵事件，也曾於台湾澎湖设澎湖镇之军事专责单位，并由蓝廷珍担任总兵一职。不过该官职或衙门旋即於翌年取消，蓝廷珍则改叙台湾镇总兵
