赫尔辛基大学和赫尔辛基大学图书馆的历史在相当程度上与瑞典王国以及其后沙皇俄国的历史有关。赫尔辛基大学前身始建于1640年，当时是图尔库（芬兰旧都奥布）皇家学院的预科。乌普萨拉大学建于1477年，重建于1593年；德帕特的皇家学院则成立于1632年。预科最初的20卷藏书成为皇家学院图书馆的开始，通过捐赠及其他采集藏书稳步增长，1642年学院雇佣了皮特·瓦尔德作印刷工，芬兰才有了印刷业。在此之前，芬兰早期的图书即使识字课本都是在瑞典或德国印制的。根据1707年皇家法令，瑞典所有的印刷商都要将1册出版物送给王国内的大学，到1755年皇家学院的馆藏已经有4000卷，到19世纪初到达30,000卷。在18世纪的最后10年馆藏增加迅速，瑞典和俄国战争其间学院疏散到赫尔辛基。
1809到1917年芬兰是沙皇俄国治下的一个自治大公国。这一时期芬兰有权保存俄国所有出版物每种1册。大学的俄罗斯图书馆是独立机构，1924年才和大学图书馆合并。1917年前的俄罗斯缴送本形成俄文和俄罗斯境内其他民族语言的巨大馆藏，至今得到全世界学者和影印本出版商的青睐。1827年9月4日图尔库大火，除了800卷被借出的图书外，近两世纪聚集起来的40,000卷藏书、包括大学和教堂均付之一炬。但大学后来重建了馆藏，并对档案进行了抢救。
1828年大学和图书馆以“芬兰帝国亚历山大大学”名义迁移到赫尔辛基，暂时安置在一所临时性房屋中，1832年教学大楼竣工，1845年图书馆新楼在大学楼北面落成。评议会有6000卷藏书捐给了大学，成为大学图书馆的基础。馆藏的增加主要靠钱和图书的捐赠。圣彼得堡捐赠了一些私人图书馆，帝国科学院和许多大学也捐赠了图书。图书馆的使用也扩大了，由于1893年有了电灯，开放时间延长到晚上，大阅览室及参考书同年开放。1917年芬兰独立时，馆藏已经达到300,000卷。
虽然馆舍扩大但馆藏不久又需要更多的空间，于是20世纪50年代先修建了地下书库，又修了保存使用率较底的资料和缩微报纸的保存本库。90年代药学系迁移到维吉后，图书馆占据了泽伯拉的四分之一。大学校园地下修建了很多新设施，于是原来分散的馆藏集中到距离图书馆主楼不远的地下洞穴。1995年美国使馆与图书馆签定协议，由于美国中心图书馆的加盟，图书馆馆藏和服务都有所加强。美国资源中心座落在法比安尼亚大楼。
作为隶属于赫尔辛基大学的国家馆，赫尔辛基大学图书馆也是研究图书馆，向普通公众和进行人文科学专门研究的人员开放。它由三座图书馆组成：主图书馆、斯拉夫图书馆和研究生图书馆。作为国家馆，赫尔辛基大学图书馆承担与国家信息体系有关与协调的各种责任。图书馆网络服务是图书馆的一个部门，负责开发和维护国家联合目录：芬兰大学图书馆联合目录，芬兰图书馆联合目录，音乐资料联合目录。该部门还协调国家研究图书馆网络LINNEA。作为版本图书馆，负责将保存本纳入国家总书库，并确保芬兰出版物的保存、利用和书目记录的完整。
赫尔辛基大学图书馆有近270万书刊及差不多同等数量的特殊资料，如手稿、地图、印刷乐谱、招贴画和临时性出版物等。今天，国家图书馆越来越重视电子出版物的收集与编目。芬兰学术图书馆具有一体化的系统，这使它们互用馆藏和提供服务。在网上使用其他国家的馆藏也日益容易，教育部额外追加的资金使它们能更好地购买电子期刊和提供联合参考服务，能经济有效地为信息社会的研究工作采购资料。图书馆在准备长期保存电子出版物的缴送本，以便这些出版物将能在网上长期供全国使用。
