两德统一后,根据1990年9月23日的联邦统一法令，柏林国立普鲁士文化基金会图书馆由原设在东柏林的德国国家图书馆和西柏林的国立普鲁士文化遗产图书馆合并而成，两馆前身为普鲁士国家图书馆。是欧洲最古老、馆藏最丰富、最有影响的图书馆之一。其历史可追溯到1661年F·威廉建立的选帝侯图书馆。它是由勃兰登堡选帝侯F·威廉直接领导建立的私人图书馆发展起来的，1699年开始实行法定注册呈缴本制度。1701年易名为国王图书馆。19世纪70年代随着德国政治上的统一，更名为德意志帝国图书馆。第一次世界大战后改名为普鲁士国家图书馆，1939年藏书约300万册，成为欧洲第三大图书馆。第二次世界大战期间，为避免空袭，该馆约有170万册藏书疏散到德国西部，其余疏散到东部。馆舍毁于战火，被炸毁和散失的藏书达10多万册。
1946年10月，以普鲁士国家图书馆疏散在德国东部的藏书为主要馆藏，在东柏林建立了“国立公共科学图书馆”，1954年更名为德国国家图书馆，即原东德的国家图书馆。
普鲁士国家图书馆疏散在德国西部的藏书战后大部分集中在马尔堡大学和马尔堡宫廷建筑物内，还有一部分则存放在图宾根大学图书馆。在马尔堡的藏书由黑森州恢复图书馆业务，名为黑森图书馆。1962年这些书划归普鲁士文化遗产财团接管，改名为国立普鲁士文化遗产基金会图书馆。从1964年起，马尔堡和图宾根的藏书逐步迁返西柏林，1968年改称为国立普鲁士文化遗产图书馆。1967至1977年历时11年在西柏林建成新馆，1978年开馆。
二次大战使普鲁士国家图书馆一分为二为两个图书馆，即东柏林的德国国家图书馆和西柏林的国立普鲁士文化遗产图书馆。随着东、西德的统一，1992年1月1日两馆重新合并，定名为柏林国立普鲁士文化基金会图书馆。该馆由普鲁士文化遗产基金会领导，是目前德语界最大型综合性学术图书馆。享有接受德国出版的图书呈缴本的权利。另外，德国的国际标准书号机构设在柏林国立普鲁士文化基金会图书馆，同时作为欧洲研究图书馆联盟、法律图书馆协会、国际图联等组织的成员，该馆还开展馆际互借。
