1963年，厦门市人民委员会成立厦门市档案馆，与市档案局合署办公。1996年，经中共厦门市委、厦门市人民政府批准，厦门市档案局与厦门市档案馆合并，一个机构，挂厦门市档案局、厦门市档案馆两块牌子。履行全市档案事业行政管理和市级各机关、团体及其所属单位的档案接收、征集、保管、利用两种职能。
至2002年底，厦门市档案馆馆藏档案资料228个全宗，14万余卷（册），形成了包括文书、科技、会计档案及统计、工业、人口普查、婚姻等专门档案在内的门类相对齐全、结构较为合理的馆藏体系，内容涉及政治、经济、文化、卫生、体育及天文地理、风土习俗等方面，这些档案资料对厦门社会经济的发展和开展爱国主义教育等都有重要的利用和参考价值。
几年来，厦门市档案局（馆）先后获得“保密工作先进单位”、“法制工作先进单位”等称号。1997年，厦门市档案馆被确定为“厦门市爱国主义教育基地”，同年，福建省档案局、国家档案局先后授予厦门市档案馆“省一级档案馆”和“国家一级档案馆”的称号。
厦门市档案馆目前馆藏档案230个全宗138499卷，其中民国历史档案66个全宗，45142卷，建国后档案157个全宗80463卷，革命历史档案1个全宗745卷，寄存档案6个全宗12149卷。馆藏图书资料12117册。档案的载体形态有纸质档案、照片档案、录音录像档案及部分实物档案，从档案门类上分，包括文书档案、科技档案、财会档案、人事档案等。
（一）中华人民共和国时期档案
中华人民共和国时期档案是厦门市解放以来党政机关、社会团体、企事业单位形成的档案，反映了本市五十多年来的政治、经济、文化、教育和城市建设等方面的总体情况。主要内容有市委、市政府及其所属各工作部门制定的有关工、交、农、林、渔、城市管理、科学、文化、教育、卫生、体育等方面的政策、规章、决定；党代会、人代会、政府工作、选举工作、统战工作的报告、决议、计划、总结材料、机构设置、体制调整档案材料；工、青、妇会议材料；表彰先进、评选劳模的材料；工商、财贸、劳动、民政方面的有企业商业基本情况表、经济情况简报、企业开业、歇业、合并、撤销、变更情况材料、优抚、复转军人安置、劳动力调配、劳动工资、招工、知识青年上山下乡等工作的通知、规定；侨务、宗教、文化、教育、卫生等方面的管理规定、计划、总结、通知、表册以及会计档案、人口普查、婚姻登记、工业普查等专门档案材料；城市规划、海堤建设等档案。
（二）革命历史档案
革命历史档案主要是1926年至1949年间厦门市地下党员、工人、学生以及其它进步人士在国内革命战争、抗日战争、解放战争中形成的反映地下党活动、工人运动、学生运动、抗日救国等活动的档案材料，有文件、照片、刊物以及部分实物。
（三）历史档案
历史档案包括清朝时档案、国民党厦门市党政档案、日伪厦门市政权档案。清朝时期历史档案有乾隆55年（公元一七九Ｏ年）、光绪十一年（公元一八八五年）的地契及与英国太古洋行谈建飞桥的合同等。国民党政权档案主要是形成于国民党厦门市党部、市政府及其各部门、军、宪、警特、司法和各社团组织的档案。党务社团方面，有厦门市党部、三青团厦门分团、各界社会团体组织成立、结束、章程、活动、人事、计划、报告、统计、调查等训令、函电、表册；政务方面，有市政府及各部门成立、撤并、人事任免、考绩、奖惩、迁调、训练、施政计划、报告、各种规章制度、会议记录、议案、社会调查、纠纷处理以及经济、劳动、禁烟、宗教、文化、教育、城市管理、卫生、交通、运输、治安、警务、司法等材料；此外，也有一部分反映国民党抗日活动等方面的材料。日伪厦门市政府档案是日伪厦门市政府及其各部门形成的档案材料，其内容主要有反映日占时期厦门地方政治、经济、文化、教育、卫生等方面的材料。
（四）图书资料
馆藏资料图书12117册（本）。资料内容主要有政策、法律文件汇编、厦门国民经济统计年鉴及各行各业调查统计资料；人口、工业普查材料；对资改造、土地改革材料；地方史志材料；宗教、同乡会、研究会、侨务资料；报纸、刊物以及城市规划以及气象、自然灾害等方面资料。图书主要有公共图书（包括哲学、社会科学、政治、经济、历史、地理、文学、法律法规）、工具书及厦门地方史志等。
除此之外，馆藏中还有部分声像、实物档案，其中照片7820张、录音录像、胶片档案111盒（盘）。声像档案的主要内容有反映解放前厦门社会、经济、城市面貌及厦门解放的历史照片、反映本市解放以来经济建设、文化、艺术活动、重大历史事件、各级领导视察考察工作、市档案局（馆）及各基层档案业务工作的录音、录像、照片等。
厦门市档案馆馆藏档案资料，真实地反映了19世纪末以来厦门市政治、经济、科技、教育、文化、艺术等方面的基本情况，是研究厦门近现代史的重要依据，对于当前的经济、文化、教育、科技等建设和发展也有重要的参考价值。
