安徽医科大学图书馆的前身是东南医学院图书馆，1949年底响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”的号召，内迁安徽省怀远县，1952年迁至省会合肥市现址，改名为安徽医学院图书馆。1996年6月更名为安徽医科大学图书馆。校本部老馆舍面积5804平方米，即将落成的新馆面积为23564平方米，学校新校区及各附属医院图书馆（室）面积计4000余平方米，全校总计各种出版类型的馆藏书刊89万余册。校本部图书馆下设办公室、采编部、流通部、期刊部、参考咨询部、技术服务部、文献检索教研室和校园网络中心等8个部门。校本部图书馆现有工作人员41人,各附属图书馆（室）工作人员21人，大专以上学历达80%以上，其中硕士研究生3人，具有研究生学历的6人，所学专业涉及医学、图书馆学、医学信息、外语、计算机科学等专业，平均年龄40岁以下，形成了比较合理的年龄结构、知识结构和学科结构体系。
安徽医科大学图书馆是安徽省属重点大学图书馆之一，是安徽省高校图书馆工作委员会常委馆，是安徽省图书馆学会副理事长单位，1991年被国家卫生部确定为“全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆”。1997年率先在省属高校图书馆实行书刊资料自动化管理，目前也是省内自动化应用开展的比较好的图书馆之一。2003年图书馆在迎接教育部评估工作中被学校评为一等奖，2004年被安徽省图书馆学会评为全省图书馆系统先进单位。2001年以来全馆有9人次分别被评为中国图书馆学会优秀会员、安徽省图书馆学会优秀会员、安徽省高校图书馆先进工作者、安徽医科大学优秀教师、安徽医科大学优秀共产党员和安徽医科大学优秀教育工作者、有24人次年度工作考核为优秀。全馆在职人员完成省级科研课题6项，其中两项省级课题获奖；承担在研校级科研课题6项；公开发表学术论文76篇，其中8篇论文获各类奖项；主编或参编已公开出版的专著6部。
校本部图书馆现开设有中外文医学现刊阅览室、中文医学过刊阅览室、中文典藏图书阅览室、社会科学报刊阅览室、电子阅览室和学生自习室等6个阅览室，各系、部、院、所、附属医院图书馆（室）共有阅览室8个。校本部图书馆开设有中外文医学图书借阅处、社会科学图书借阅处和外文过刊借阅处等3个借阅处；文献检索教研室是学校重要的基础教研室，承担着全校本专科生和研究生的文献检索课的教学任务；参考咨询部利用现代网络技术可为广大读者提供文献检索和课题查新服务，是全省医疗卫生系统科技查新的定点指定单位。图书馆全年接待读者约50万人次。
图书馆充分地利用现代数字信息技术，为读者提供优质服务,安装了万方数据库、维普数据库、中国学术期刊网、BiosisPreviews文摘数据库、EBSCO全文数据库、SprigerLink全文数据库、CBM和MEDLINE光盘检索系统，开通了超星数字图书馆、中国数字图书馆和书生之家数字图书馆。全馆备有各种类型计算机150余台，各种服务器10多台。图书馆采用鑫盘管理系统，实行图书馆局域网内整体管理，大大地提高了图书馆的管理质量和管理水平。
