新疆医科大学药学院的前身是创建于1978年的新疆医学院药学系。1998年，为加快新疆医学高等教育事业的发展，适应教育改革的需要，原新疆医学院与原新疆中医学院合并建立新疆医科大学，同年药学系更名为药学院，它的成立标志了新疆高等药学教育进入新的发展阶段，是新疆药学发展史上的重要里程碑。
药学院下设六个教研室和分析测试中心。六个教研室是药化/有机教研室、药剂/物化教研室、药分/分析/教研室、天药/生药教研室、药理教研室和化学教研室。承担了药学专业本、专科的药理学、药剂学、药物分析、天然药物化学、药物化学、有机化学、物理化学、药用植物学、医用化学、基础化学、分析化学、无机化学、生药学、药事管理、新药设计与研究（选修）、体内药物分析（选修）、无机药物化学（选修）、毒物分析（选修）、波谱学（选修）、药学英语（选修）等课程的教学和实验指导任务；此外，还为研究生班开设了近代仪器分析、新剂型研究与评价、生物药剂学、波谱学、分子药理学、心血管药理学、免疫药理学、神经药理学、日本语等课程；为基础医学院、预防医学院及中医学院开设了基础药理学、临床药理学、卫生化学、中药药理学等课程；2003年开始承担留学生的无机化学、有机化学和药理学等课程的教学和实验，年教学总工作量达6000学时以上。目前药学院教研室教师均能在主讲一门药学专业主干课程的基础上，还能兼讲一门或几门其他课程，做到了所谓“一人多课制”和“一课多人制”，为实现学科之间互相交叉渗透迈出了重要一步。
分析测试中心建立于2001年5月，2003年批准为校级重点实验室。主要从事中、西药物的分析测试，服务于校内的教学和科研，同时也向校外开放服务，拥有大型LC-MS、HPLC、GC、UV、IR、600兆NMR等仪器。日元贷款仪器如喷雾干燥仪、低温冷冻干燥仪、制备高效液相色谱仪、傅立叶变换红外光谱仪、数字全自动旋光仪、超临界流体萃取仪、离子色谱仪等不久可到位使用。
药学院经过二十七年的发展，已由当初招生规模小、专业设置单一、科研水平尚属起步阶段的小系逐渐发展到今天这样的中等招生规模、专业方向多样(2004年新增了临床药学、药品营销两个专业方向)、教学与科研并重的、能够培养高级药学人才（硕士、博士）的药学院。建系初，药学系每年招生32人，民汉班隔年招生，在校学生人数只有128人。随着社会对药学人才需求量的增加，药学院一方面增加专业设置，在扩大药学专业招生的同时，还不定期的招收了医院药剂、药品营销、药物新剂型等专业的学生；另一方面药学院遵循“稳定本科教学、加快发展研究生教学和重视成人教育和继续教育”的原则，有计划的扩大办学规模，尤其是研究生培养工作得到飞速的发展。
目前，学院在院学生总数为751人，其中：全日制本科生538人，占71.6%；全日制本科生中少数民族学生315（58.6%）。业余本、专科生134人，占17.8%；研究生79人，占10.5%。学生规模和层次比例的增长，体现了学院“规模、结构、质量、效益”协调发展的指导思想。在今后的五年里，将继续发展研究生教育，为新疆培养更多高学历、高素质的药学人才。
药学院拥有药学博士后流动站（在站3名，出站1名），一个博士点（药理），5个硕士点（药理学、药物分析、药剂学、生药学、药物化学）。有博士导师9人，硕士导师24人,每年可招博士生9～16人；硕士研究生20～30人。学院师资力量雄厚，现有教职工95人。教师87人，其中教授13人，占教师队伍的14.9%；副教授33人，占教师队伍的37.9%；讲师33人，占教师队伍的37.9%；教师中具有博士学历的15人。具有硕士学历的教师有42人, 占教师队伍的48.3%,硕士以上学历的教师占教师队伍的65.52%（57/87）。少数民族教师35人（40.2%），其中研究生以上学历19人（54.3%）。20余人次受到国家、自治区和医科大学表彰的教师。其中，有四位博士生导师被国务院授予有突出贡献、享受政府特殊津贴的优秀专家光荣称号，并获自治区优秀专家荣誉称号；一位教师获得自治区名师奖；三位教师被授予自治区优秀教师称号；四位中青年教师分别获中国大学生跨世纪发展奖学金、自治区第三届优秀大中专毕业生、全国青年科技之星、霍英东优秀青年教师等荣誉称号。
科研力量雄厚，近三年来获得各类科研资助项目34项，其中国家自然科学基金项目5项、国家科技部西部开发专项项目1项、国家十五专项课题1项，共获科研经费850万余元。取得各类科技成果奖25项，获中华医学奖1项，自治区科技进步奖7项，发明专利13项，在各类医学刊物上发表论文192余篇。SCI收录26篇，引用10篇。
