新疆医科大学研究生学院成立于2005年，1978年成为国家首批硕士学位授权单位，1986年获得新疆第一个博士学位授权单位。自1978年招收第一批研究生以来，经过三十年的不懈努力，新疆医科大学的学位与研究生教育已形成一套较为完善的教育培养体系。目前拥有4个博士学位授权点，是全疆唯一的专业学位（MD）博士研究生培养、公共卫生管理硕士（MPH）培养及临床医学/口腔医学专业学位硕士研究生培养单位，同时也是全疆唯一的同等学力在职申请博士学位授予权单位；硕士学位授权点覆盖医学类学位点的82.76％；拥有3个博士后流动站，5个自治区级重点学科，10个校级重点学科，1个教育部省部共建重点实验室，2个自治区级重点实验室。
多年来，研究生学院一直把人才培养质量视为学位与研究生教育的生命线，注重研究生综合素质的全面提高和创新能力的培养，秉承“厚德博学、笃志力行”的校训，发扬“团结奉献、自强不息、精益求精、追求卓越”的新医大精神。坚持“巩固、深化、提高、发展”的教育发展方针和走以内涵发展为主的道路，以培养道德的楷模，学术的精英的高素质，创新型医学专门人才培养目标为要求，面向未来，面向新疆，服务基层，辐射周边。三十年来，累计培养出各级各类研究生三千余人，其中绝大多数已成为新疆医疗卫生战线的骨干，部分优秀人员已成为全国十大杰出青年，国家杰出青年基金获得者，国家名师，跨世纪人才，百家名医及百千万人才等称号。
近年来，在学校“坚持以人为本，建设和谐校园；实施读书工程，建设书香校园，坚持环境育人，建设绿色校园”的办学理念和育人思想指引下，研究生学院加大改革力度，勇于开拓创新，在招生、培养、管理和学位授予方面采取了一系列措施，取得了比较明显的成效。
