新疆医科大学医学工程技术学院是新疆医科大学为进一步整合医学教育资源，拓宽医学教育发展空间于2003年成立的一个新学院。学院自成立至今，在教学、科研及学科建设方面均取得了较好的成绩，为新疆医科大学的发展做出了应有的贡献。
学院实行党委领导下的院长负责制，设有学院综合办公室，学生工作办公室，八个教研室：即计算机应用教研室、计算机软件教研室、信息科学教研室、数学教研室、医用物理教研室、影像学基础教研室、麻醉学基础教研室、检验学基础教研室，一个计算机中心。
学院现有教职工44人，教师33人，实验技术人员3人，领导3人，行政及教学管理人员3人，专职政治辅导员2人。硕士生导师3人。
“168人才培养工程”骨干教师2人。学院承办着“信息管理与信息系统”、“医学检验学”、“医学影像学”、“麻醉学”专业。目前正在积极申办“生物医学工程”专业。承担着大学计算机、数学、物理等公共基础课的本科和本科以上的教学；承担着信息管理与信息系统、医学检验、医学影像、麻醉医学专业的本、专科专业基础课程和专业课的教学和教学管理工作。
学院《计算机与信息技术基础》课程为大学“151”重点课程，《高等数学》课程为大学“151”优秀课程。2006年4月《计算机与信息技术基础》课程被评为医科大学精品课程，2007年4月《高等数学》被评为大学精品课程。学院有大学校级实验室2个：计算机中心、物理实验中心，其中物理实验中心是大学“先进实验室”。
学院自成立以来不断加强管理干部队伍的建设，加强了师资队伍建设，一直把人才培养质量视为生命线，建立健全了教学质量监控体系。重视学生德育思想政治教育工作，不断加强对学生德育和思想政治教育，学院注重全面提高学生的综合素质和创新能力的培养，使学生在全国大学生数学建模大赛、计算机技术技能大赛等方面都取得了比较明显的成效。
今后，学院将依托大学的教学资源，发挥计算机、数学、物理学的优势，发展医学影像与理工科相融合，凸显医学工程技术特色的影像学科。发挥医学、管理学和计算机信息技术的优势，发展医学与管理、计算机信息技术相互融合，凸显新兴的有医学特色的信息管理和信息技术学科。努力加强学科建设，优化专业结构，深化教学改革，提高培养质量，提升学院的办学层次，逐步发展研究生教育，使学院由教学型学院逐步发展成为教学研究型学院，使整体办学水平在医科大学具有相当实力和特色，在西北地区有一定知名度的学院。
