自交一般是指以本植株或较纯的群体内的花粉进行授粉结实的操作过程。其目的是为了验证遗传因子的分离情况。例如，一株纯合的红花豌豆（CC）与一株白花豌豆（cc纯合体）杂交，由于两者只产生一种含C和c基因的配子，所以其杂交子代（F1）的基因型为杂合型Cc ，全部是红花植株。F1自交产生F2株系，因为它能产生两种含C和c 基因的配子，两两组合则可以产生三种基因型：1CC:2Cc:1cc。在F2代中有3/4的植株开红花，1/4的植株开白花。换言之，红花与白花之比是3:1。除上述验证遗传因子的分离的作用以外，由于自交时一对基因的纯合体只能产生一种配子，自交子代只发育与纯合体一样的性状，因此，自交还可以获得表型各异而遗传上稳定的多种基因型的纯合系，进而为有性杂交提供稳定的自交系。
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