不同物种的染色体都有各自特定的形态结构（包括染色体的长度、着丝点位置、臂比、随体大小等）特征，而且这种形态特征是相对稳定的。因此，染色体核型分析是植物种质资源遗传性研究的重要内容。
染色体核型分析主要包括染色体长度、染色体臂比、着丝点位置、次缢痕等。染色体的长度差异有两种，一种是不同种、属间染色体组间相对应的染色体的绝对长度差异，一种是同一套染色体组内不同染色体的相对长度差异。绝对长度通常在放大的照片或图象上以微米（μm）进行测量，然后按下式换算：
染色体绝对长度 = 放大的染色体长度（μm）× 1000 / 放大倍数
绝对长度不大稳定，这是因为预处理条件和染色体的缩短程度难以完全相同，即使同一个体的不同细胞的染色体，缩短程度也常常不同。因此，绝对长度只有在染色体大小差异明显的种或属间的比较才有价值。而对于染色体大小差异不明显的材料间的比较，常常以相对长度作为量度染色体的标准。染色体相对长度是以百分比表示，通常采用Levan（1964）的公式计算：
染色体相对长度 =（染色体长度/染色体组总长度）× 100%
由于相对长度排除了因技术原因引起的染色体短缩程度不同所产生的差异，因此，相对长度值是一个较稳定的可比较的数值。而绝对长度则往往只记录变异范围。不同属、种，以及不同变种之间，因染色体变异，会引起同源染色体长臂与短臂不一样，这通常用染色体臂比来进行比较。通用公式如下：
染色体臂比 = 长臂（L）/短臂（S）
由于染色体长臂和短臂不一，就表现出着丝点位置不同。此外，在核型分析中，次缢痕或核仁组成区（NOR）和随体（SAT）的数目、分布和大小的差异，常常成为区分某些近缘种或属的主要特征，因此，它们识别与判断极为重要。例如，葱、洋葱和大蒜的染色体数目和基本形态都相近似，但是，其随体的数目、大小和位置明显不同，而易于区分。
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