1199年(正治元年)镰仓幕府的创始人源赖朝去世，年仅18岁的其子赖家继任将军。赖家精于弓箭马术，但缺乏其父的政治才能及权威，独断专行，重用其岳父，排挤幕府元老，引起许多御家人的不满。在源赖朝之妻北条政子的主持下，首先剥夺了赖家的裁判权，然后组成13名元老决定重大决策的协议制。1200年，北条时政铲除支持赖家的梶原家族，并在1203年软禁赖家，同时灭其岳父家族，立其弟实朝为将军，自己以辅助将军的名义掌握幕府大权，被称为“执权”。
翌年时政杀害赖家，但在政子的反对下，时政被迫引退，由其子北条义时掌握幕政。1213年，义时灭侍所别当和田义盛及其家族，巩固了其执权的地位。但此时实朝已经成人，并积极参与幕政，喜爱公家文化，与朝廷关系颇佳。1219年，实朝在就任右大臣仪式的途中被其侄公晓所杀，公晓亦被杀，源氏断绝。义时希望立皇族亲王为将军，但遭到后鸟羽上皇的反对，只好立源氏远亲摄关家三岁的藤原赖经为将军，自己继续掌握幕府政权，自此以后将军成为虚设。
幕府内部的争斗使本来就对武家政权不满的天皇朝廷提供了试图恢复公家权力的机会，1198年开始院政的后鸟羽上皇积极采取加强朝廷经济实力的措施，并通过恩赐土地的方式吸引近畿地区的武士以及对北条家族不满的御家人，在“北面武士”机构之外，还设置了“西面武士”组织。上皇拒绝了北条义时允许皇子做幕府将军的请求，并在1221年5月向各国武士颁布讨伐北条义时的院宣。时值承久三年，因而被称为“承久之乱”。但响应朝廷的武士并不多，而在北条政子的鼓动下，大多数御家人重新集结在幕府旗下，并从镰仓分兵东海、东山、北陆三路向京都方向进发。面对19万之多的幕府军队，万余名的朝廷军队一触即溃，不到一个月，幕府军就打败了朝廷军，并占领了京都。幕府立新天皇，将包括后鸟羽上皇在内的三位上皇流放到离岛，并处死参与计划讨幕的贵族与武士。天皇被处罚以及贵族被处死的事情前所未有，因而对当时的社会产生较大影响。幕府没收了参与讨幕贵族及武士的3000所领地，将其作为幕府的直辖领地，并任命在此次内乱中立有战功的御家人为新地头，称为“新补地头”，同时决定了新地头的俸禄标准。另外，幕府在京都设“六波罗府”，由北条义时之弟北条时房及其子北条泰时担任其长官——“六波罗探题”，取代过去的京都守护。其职责除警卫京都、监督皇室活动外，还兼有负责统帅西日本御家人以及执掌西日本的行政、司法等事务。“承久之乱”之后朝廷丧失了拥有军队的权力，皇位继承及朝廷政治也由幕府决定，国家权力严重倾向武家。
1224年，北条义时去世，翌年大江广元、北条政子亦去世，任幕府执权的北条泰时针对时弊进行了一系列改革。首先改变执权独断的体制，在1125年设置“联署”一职，并由其叔父北条时房担任此职，辅助执权掌管政务；同时任命11名精通政务的御家人组成“评定众”，做为幕府的最高决策机构，与执权、联署协商决定重大行政、司法事务；其次，在1232年制定了《御成败式目》（亦称为《贞永式目》）的武家法规，以简单易懂的语言概述了行政、司法的规则以及武士应遵守的行为准则和道德规范，其中要求各级武士严守自己的职责，向公背私，不得越权妄为，严禁“非国司而妨国务，非地头而贪地利”等。到北条泰时之孙北条时赖任执权时，进一步完善了以执权为中心的政治体制。即在1249年设置数名官员组成的“引付众”，其职责是协助评定众审理文书及裁判。同时，时赖清除北条傍系有力家族，将幕府权力集中在北条嫡系家族——“得宗”，并废除藤原家族出身的将军，立完全由幕府摆布的皇族亲王为将军。
在镰仓时代，武士领主化的现象越来越明显。被称为“御家人”的武士担任地头，而那些“非御家人”武士通常被任命为庄官，管理下人、随从、农民进行农业生产。武士的所有子女均有继承权，分家后亦听从本家的调遣，形成一大家族，族长称为惣领，战时率家族成员进行作战，平时带领子弟到京都或镰仓服警备义务。武士女性成员不参与军事活动，但亦可成为地头或御家人，流行出嫁婚姻制，但结婚后仍用原姓氏。武士住在“武士馆”中，平时练习骑、射武艺，逐渐形成重武勇、礼节、廉耻、正直、节俭等内容的“兵道文化”。农民分为上层农民“名主”和下层农民“作人”，他们是从事农业的主要劳动力，交纳30%左右的收获量作为“年贡”，另外还要交纳土特产的“公事”，提供称为“夫役”的徭役。当时已普及两季农业、牛耕、肥料、水车等，但农民生活依然困难，因而经常以名主为首反抗地头、领主的压迫与剥削，其手段多为诉讼和逃亡。尽管如此，由于生产力的提高以及经济作物的发达，手工业和贸易也得到发展，出现了定期集市和货币经济。大量宋钱输入日本，到镰仓幕府末期，84%的交易使用货币，同时出现了高利贷“借上”、远距离的汇兑和从事批发的“问丸”。
