巴中市疾病预防控制中心成立于 1994 年 3 月 , 前身为巴中市卫生防疫站， 2002 年 4 月更名为巴中市疾病预防控制中心。肩负着全市疾病预防与控制工作指导职能，承担江北城区相关疾病预防控制工作。 中心现有正式职工 23 人，大专以上学历占 86% ，有正高级职称 1 人，副高级职称 4 人，中级职称 8 人；中心设办公室、疾病控制科、卫生监测科、卫生检验科、财务科、门诊部共 6 个科室。
国债项目新建业务用房 5668 ㎡，占地面积 4092 ㎡ , 计划总投资 600 万元，其中国债 300 万元。该项目工程于 2004 年 5 月正式开工建设， 2005 年 8 月 31 日 全面竣工，现已投入使用。
市疾控中心成立以来，在市委、市政府的正确领导下，在上级有关部门的支持下，始终坚持预防为主的卫生工作方针，以满足群众日益增长的卫生防病需求为己任，立足现有条件，以人为本，科学防治，服务大众，强化内涵建设，狠抓科学规范化管理。切实履行疾病预防控制机构职责，抓好常见病、多发病和重点疾病的防治，强化疫情报告信息网络建设，大力开展疾病和健康危害因素监测评价，普及健康教育，及时处理各类疫情和突发公共卫生事件，充分发挥了全市疾病预防控制参谋和中心枢纽作用，为保障群众健康、促进经济发展、维护社会稳定作出了积极贡献。
市疾控中心先后被评为“全国消灭脊髓灰质炎工作先进集体”、“全省计划免疫工作先进单位”、“全省防治非典工作先进集体”。
