亳州市地方海事局（港航管理局）的前身是亳州市航运管理局，2002年12月根据《国务院办公厅关于转发交通部水上安全监督管理体制改革实施方案的通知》和交通部《关于规范地方水上安全监督管理机构名称的通知》精神，经省编委皖编办〔2002〕128号文批准，由亳州市航运管理局更名为亳州市地方海事（港航管理）局。
亳州市地方海事局(港航管理局）是省地方海事局（港航管理局、船舶检验局）领导的市级管理机构，两块牌子，一套班子，实行垂直管理体制，负责行使全市水上交通安全监督及防止船舶污染、船舶检验以及水路运输市场管理，航道、港口运输管理、建设、维护和行政执法等职能。目前在全市三县一区设有涡阳、蒙城、利辛和直属四个地方海事（港航管理）处，在涡河蒙城境内设有蒙城水上交通安全检查站。局机关内设：纪委监察室、工会、办公室、组织人事科、财务科、监管中心、行业管理科、船舶检验科、法规教育科、规划建设科、政务中心等11个科室。
境内航道主要有涡河、茨淮新河、西淝河、阜蒙新河、利阚新河、惠济河等六条河流。流经我市辖区境内的河流航道里程362公里，其中通航里程286公里。
近年来，在各级领导、社会各界的关心支持下，我局以服务水运经济发展为中心，以建设畅通、高效、平安、绿色内河水运为目标，以深化“两个转变，四个提升”为主题，以实现“四化三满意”（安全监管数字化、执法装备统一化、办公设备现代化、内部管理规范化，社会满意、领导满意、职工满意）为主线 ，全力打造“生态海事、和谐海事”，各项事业正全面、稳步、协调、健康发展。
