小儿外科是新兴的临床学科，主要研究需手术治疗的小儿疾病。一般分为新生儿外科、小儿普外、小儿胸心外科、小儿泌尿外科、小儿神经外科、小儿耳鼻咽喉——头颈外科、小儿骨科等专业科室。
新生儿外科：只要诊治食道闭锁、食道裂孔疝、先天性膈疝、腹裂、脐膨出、十二指肠闭锁、环状胰腺、幽门肥厚、先天性肠旋转不良、肠道闭锁、胆道闭锁、先天性巨结肠、先天性肛门直肠畸形肛等。
小儿普外科：甲状腺肿块、梨状窝瘘等颈前各种肿块及瘘管；胆总管囊肿、胆道闭锁、胰腺囊肿等各种肝、胆、胰、脾疾病；先天性巨结肠、肠重复畸形等胃肠道先天性畸形；腹股沟斜疝等各种疝；各种复杂肛瘘；急性肠套叠、嵌顿疝、急性阑尾炎、急性肠梗阻、急性消化道出血、急性胰腺炎、腹部外伤等各种小儿外科急腹症。
小儿肿瘤外科：神经母细胞瘤、肾母细胞瘤、各部位的良、恶性畸胎瘤、骶尾部肿瘤、肝脏肿瘤、横纹肌肉瘤、血管瘤、淋巴管瘤等的诊断及手术。
小儿泌尿外科：泌尿系畸形的矫治和重建，如肾畸形、肾积水、输尿管积水和囊肿、膀胱输尿管返流、尿道下裂、尿道上裂、两性畸形、泌尿系肿瘤如肾母细胞瘤、膀胱横纹肌肉瘤等的治疗。
小儿胸心外科：开展新生儿婴幼儿等低年龄儿在内的临床多种单纯和复杂先心病的手术治疗。如：室间隔缺损、房间隔缺损修补术、法乐氏四联症、右室双出口、完全性房室间隔缺损、肺动脉闭锁合并室间隔缺损根治术、以及功能性单心室姑息术等。
小儿神经外科：脑半球肿瘤、髓母细胞瘤、室管膜瘤、三脑室肿瘤、松果体肿瘤、颅咽管瘤、颅底肿瘤，以及髓内肿瘤、各种椎管内和脊柱肿瘤；包括先天性脑积水、脊髓和脊膜膨出、脊柱栓系综合症、小脑扁桃体下疝畸形、颅缝早闭、各种先天性颅颌面畸形。
小儿耳鼻咽喉——头颈外科：开展小儿鼾症监测及手术治疗、嗓音障碍、喉气管狭窄、鼻内窥镜手术、头颈部肿瘤以及头面部先天性畸形等
