字茂宗。商水(今河南省)人。宋代官员。
姚仲孙为曹南著名家族，曾祖姚仁嗣，为陈代商水令。其父亲姚晔，科举进士头名，高中状元后，官至著作郎。姚仲孙年幼时孝顺长辈，知书识礼，后科举及第进士，补任许州司理参军。
民妇马氏的丈夫被杀，指控里胥曾经有事求马氏的丈夫，但马氏的丈夫不答应，因此认为是里胥杀死了马氏的丈夫，令差逮捕里胥治罪。但姚仲孙认为此案疑点很多，证据不足，极可能是冤案。知州王嗣宗发怒说:“你敢以自己的名誉担保吗?”姚仲孙回答:“请不要执行处死，待我再详细调查。”复案两个月之后，果然抓获了真正的杀人凶手，除了冤案。
后来，姚仲孙调任邢州推官，转资州。转运使揭露富顺监狱疑案多冤，姚仲孙亲审此案，其廉明公正，纠正了不少假案冤案，上奏朝廷，结果挽救了数十人的性命。资州的州官换了两届，都是昏庸无能之辈，凡大事总不能作主，都依赖姚仲孙解决。
后姚仲孙升任大理寺丞，治建昌县。当初，从建昌县运茶叶到南康，常把茶叶露天堆积于路旁，很多茶叶都被雨露淋湿潮侵而霉烂，官员的腐败导致商家大损破产，甚至无法赔偿损失。姚仲孙瞭解到这个情况，其立即发动当地百姓，修樯砍树，建筑仓库，解决了这个问题，对商人和百姓都有利益。不久调往彭州任通判。姚仲孙积极练兵备战，不因和平时期就松懈战事， 姚仲孙还上奏就守卫国家边疆的措施。后又调往通判睦州，往徐州。当年因旱灾闹饥荒，政府诏令发官栗赈灾民，而当地主管官吏却没有按时把粮食发到平民手中。姚仲孙一到徐州，即时将有关主管负责的官吏免职，当夜按灾民户籍核实后，及时将粮食发送到灾民家里。后姚仲孙升任尚书屯田员外郎。
王融守治益州，辟通州判事。姚仲孙为右司谏。入内都知阎文应要求出任都知，姚仲孙历数阎文应的罪过，对皇上奏明：“方帝戒斋住在太庙，而闺文应大声喝骂医官，声闻行为不端。结果皇后暴薨，朝廷里里外外无不怀疑是阁文应投毒。”皇上调阎文应外出，任泰州兵马钤辖，而阎文应称身体有病而留在京城。姚仲孙再次论奏，才将阎文应调出京都。
姚仲孙以起居舍人知谏院，管勾国子监，以尚书户部员外郎兼侍御知杂事。当时谏议大夫共有二十名，姚仲孙说：“谏议大夫是朝廷之选，不宜以岁月序进。今诸位寺卿至前行郎中三十五名，贴近职者犹不在数，若以年劳授则数年之外，谏议大夫员益多。请艰其选，以处材望之臣，余悉次补卿监。”于是诏令当选者奏听旨。当初，各路复提点刑狱，不朝多任为省府官。姚仲孙建议考其才能分为三等，优良者升职，合格者调任，不合格者免职降黜，朝廷就诏令姚仲孙负责考试的一切事务。
姚仲孙历任三司户、度支、盐选铁副使，进天章阁待制，河北都转运使。姚仲孙在职其间，还备战而修城垒、积粮练兵。受到了仁宗皇帝的嘉奖，在任治澶州时，暴雨成灾，洪水冲坏的明公河堤，毁坏了桥梁。姚仲孙亲自上堤指挥抢险，军民奋战了一夜，终下于堵住了洪水，修复好酒厂堤。姚仲孙守治大明府时，半夜率领官兵堵塞金河堤的决口，做得很坚固，当年，澶州、魏州虽然暴雨洪水，但没有对百姓造成危害损失，受到了当地官民的高度赞扬。
不久，姚仲孙被诏入京，任礼部郎中，龙图阁学士。后出任陕西都转运使，未赴任。后任三司使事。任职期间，着重西北边境防务，招兵买马屯粮备战事。军用经费繁多杂乱，姚仲孙严格审计，细心合理调用，严令属下挪用贪污。有时候身患疾病，但从未放松军政财务管理，这样得罪了那些贪官污吏，被他们联名上奏，诬陷其贪污枉法，结果姚仲孙被贬任蔡州知府。
姚仲孙因母亲去世，悲伤过度，一只眼睛为此失明，不久身亡。
