南头中学的“始祖”是兴建于1801年的凤岗书院，至今 已有200年历史。书院1906年改名为凤岗学校，学生不再只是学习四书五经，还开设了近代自然科学、社会科学等内容。
据1975至1989年任南头中学校长的何如德 （书记）考证，民国初年，凤岗书院又改名为宝安县第一高等小学，学生200人。
1926年扩办初中班，1928年改名为宝安县立第一初级中学，学生400人，来自宝安县、东莞县和香港新界。此时期是宝安县建党时期。
1924年秋天，广州农民运动讲习所学生、共产党员黄学增等三人来到宝安，在燕川一带发展了宝安县的第一批共产党员。
1926年初，中共宝安县委成立，县委机关就设在南头城关口的郑氏宗祠，以南头城为中心的农民运动风起云涌。近在咫尺的宝安县第一高等小学的师生深受革命熏陶。
1938年10月，日寇从大亚湾登陆，南头城被日军放火焚烧，学校校舍被毁，被迫停办，一批学生参加了惠东宝抗日 游击队（1943年12月改号为东江抗日游击纵队）。
1945年抗日战争胜利，当时的陈仲轩校长远赴美国募捐，华侨以桑梓赤诚，鼎力捐资修建校舍，宝安县立第一初级中学得以复办。
1949年10月16日南头解放，宝一中学生以毛泽东提倡的“身体好、学习好、工作好”为准则，学校例行“团结、紧张、严肃、活泼”的延安作风，宝一中愈办愈好，名声在外。据南头中学老教师陈情、何壁君介 绍，此时期，香港有一位小学校长，舍近求远，将其女儿陈丽英、儿子陈立中从香港送来南头宝一中学习。自古以来，新界就有学子到南头凤岗书院就学的风气，
解放后，从新界到南头求学的学生更是络绎不绝。我国著名电影演员香港沙田人谢芳，就是1953、1954年在南头读书的南中学生。其他曾在这里读过书的现各级领导干部、学者、专家更数不胜数。
1958年，宝安县第一中学改名为南头中学，首届高中毕业生考上大学者达一百余人。同年，南中被评为粤中专区红旗学校。
深圳经济特区成立后，南头中学教学管理水平和教学质量日新月异，一年胜过一年。从1995年起，南山区先后投入近6000万元，建起了一座设施完备、环境优美的现代化新南中。学校占地约5万2千平方米，依山傍海，环境秀丽。教学楼、科学楼、功能楼、行政办公楼、学生公寓、师生食堂群楼耸立；标准的400米塑胶跑道运动场，古木参天的校园，雄伟壮观的校门，尽显百年老校的青春活力。
现在，南头中学已是南山区规模最大的公办高中学校，共50个班，学生人数约2800余人。近年来，学校先后被评为省一级学校，省现代技术教育实验学校、省田径传统学校、省级绿色学校，正在向全国示范性普通高中的目标迈进。学校面向全国公开招聘优秀教师，师资力量雄厚，至2006年年初，全校一线教师共有200人，其中特级教师 8人，全国、省级优秀教师13人，市级优秀教师、骨干教师、学科带头人共61人，高级教师 98 人，博士1人，硕士 27人，有 5 人在全国教学大赛中获得一等奖，7人在省级教学大赛和优质课评比中获得一等奖，17人在市级教学大赛中获得一等奖，图书馆藏书近十万册。
近几年，南头中学教学质量不断提高，重点和本科上线率不断上升。2005年高考喜获丰收,创下了多项历史记录, 高考重点率21.4%，本科率达47.8%，1人以满分900分(标准分)的成绩获广东省高考状元,9人次高考总分超过800分,总分超过700分的有51人次。有5名同学分别被北京大学和清华大学录取。
1997年南头中学通过了区一级教育督导评估，1999年通过市一级教育督导评估，2000年通过了广东省一级教育督导评估，晋升省一级学校。
在迎接百年校庆之际，有着近百年历史的南头中学将投资7000余万元完成校园改建、扩建工程，此项工程完成后，学校将达到60个班、3000名在校生的规模。
