在Exchange 5.5升级到2003的过程中会出现很多错误，安装程序在中途可能中断，硬件可能不适合提供运行Exchange 2003所需的速度，或者用户邮箱变得非常混乱。升级向导里也存在许多反面因素。在开始阶段可能就要花去用户大量的检修时间。另一个缺点是你要对一个完好的邮件服务器做主要更改。如果升级过程中出现问题，恢复Exchange的唯一希望通常是恢复备份。
相对于直接升级旧Exchange服务器，我更倾向于进行多阶段迁移。这种升级方式的检修时间更少，也不会使目前使用的Exchange服务器处于危险中。但缺点是它需要购买至少一台新服务器。就我看来，考虑到能避免许多头疼的问题，购买一台新服务器还是相当值得的。
第一阶段：部署活动目录
Exchange 2003完全依靠活动目录的基本配置以及DNS服务器。因此升级过程的第一步是要保证你的Exchange域中的至少有一个域控制器运行活动目录。
虽然不用在每个域控制器中安装基于活动目录的服务器操作系统，但如果决定将其都进行升级，那么当你的域以混合模式运行时，就不能得到预想中的好处。
第二阶段：安装Exchange Server 2003
当活动目录基本配置完成后，就可以开始迁移了。首先你就要在新服务器中安装Windows Server 2003及Echange Server 2003。
第三阶段：安装活动目录连接器
为了使多阶段迁移有效工作，你需要功能强大的Exchange 5.5和Exchange 2003环境。Exchange将所有服务器集合到一个通用组织下。这种模式需要邮件服务器之间可以相互交流，并能共享用户信息。问题是Exchange 2003中所有用户信息都被保存到活动目录里，而Exchange 5.5的用户信息诶保存到Exchange目录文件（DIR.EDB）里。
这也是需要活动目录连接器的地方。AD（活动目录）连接器是一个将组织里的Exchange 2003和Exchange 5.5两部分连接起来的Exchange 2003工具。
该连接器将活动目的信息储存到Exchange目录里。这个过程很重要，因为如果Exchange 2003服务器的用户想向Exchange 5.5用户发送信息，他们就要能在活动目录中找到该用户的有关信息。
AD连接器不仅使活动目录具有该信息，并使其与Exchange目录同步。
第四阶段：创建测试邮箱
当活动目录连接器完成后，下一步就是在Exchange 2003服务器中创建几个测试邮箱。你需要对这些测试用户进行认证，以保证他们可以与Exchange 5.5用户及外部（SMTP邮件）间收发邮件。一旦确认这些测试邮箱可以正常工作，服务器比较稳定，就需要在这个服务器上创建所有新用户邮箱。
第五阶段：迁移用户
接下来的步骤是将用户迁移到新服务器上。可以通过Exchange系统管理中的Move Mailbox命令迁移邮箱。你可在一定时间内按自己的需要决定迁移邮箱的数量。
我建议在开始阶段，在Exchange 5.5服务器中创建几个测试邮箱，将他们迁移并在迁移其他真正邮箱时确认他们仍工作正常。另外，我也建议首相只迁移几个真正邮箱，这一可以确保迁移后他们仍可工作。
如果觉得Move Mailbox功能像预期的那样工作，就可以按你的想法决定迁移邮箱的数量。如果你愿意，也可以在一个Exchange 2003服务器上将多种Exchange 5.5服务器进行合并。但要注意的是，你需要使用Exchange 2003企业版本，信息存储量为16GB。
第六阶段：废除旧服务器
当迁移完所有旧Exchange服务器中的邮箱，就应当将该服务器从Exchange组织中移走了。
如果还有需迁移的服务器，你可以在旧服务器中安装Exchange 2003，然后将邮箱从另一服务器迁移到它上面。如果选择这种方式，旧需要确认该服务器有足够的硬件资源运行Exchange 2003。
如果进行全新安装而不是升级现有的Exchange版本，那样会更好。
第七阶段：设置为本机模式
当组织中所有服务器都运行Exchange Server 2003，最后一步就是将Exchange调到native（本机）模式。这可使你利用到Exchange 2003的特色功能，而这些功能在混合模式中无法获得。
需要记住的是，转换到native模式是一个单向过程。一旦选择了Native，就不能将其他Exchange 5.5服务器添加到Exchange组织中。
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