过去，开发人员为超级计算机定制各种各样的操作系统，超级计算机在操作系统的使用上没有形成统一规定。近年来，这种情况有所改变。Linux系统被很多超级计算机采用。那么Linux在超级计算机中究竟有多受欢迎呢？
在最新公布的全球超级计算机500强排行榜上，全球超级计算机20强中，有19强使用的是Linux系列的操作系统。
全球20强超级计算机使用的操作系统
排名 计算机名称 拥有者 操作系统
1 Roadrunner IBM Linux
2 Jaguar (Cray XT5) Cray Linux (CNL)
3 JUGENE IBM Linux (CNK/SLES 9)
4 Pleiades SGI Linux (SLES 10 + SGI ProPack 5)
5 BlueGene/L IBM Linux (CNK/SLES 9)
6 Kraken XT5 Cray Linux (CNL)
7 BlueGene/P IBM Linux (CNK/SLES 9)
8 Ranger Sun Linux
9 Dawn IBM Linux (CNK/SLES 9)
10 JUROPA Bull SA Linux (SLES 11)
11 Franklin Cray Linux (CNL)
12 Jaguar (Cray XT4) Cray Linux (CNL)
13 Red Storm Cray Linux (UNICOS/SUSE Linux)
14 Shaheen IBM Linux (CNK/SLES 9)
15 Magic Cube Dawning Windows (Windows HPC 2008)
16 GPC IBM Linux
17 Encanto SGI Linux (SLES 10 + SGI ProPack 5)
18 EKA HP Linux
19 Juno Appro International Linux (Redhat)
20 Jade SGI Linux (SLES 10 + SGIProPack5)
从上表中可以看出，除了Magic Cube Dawning Windows是没使用Linux操作系统外，其余的前20强都是使用Linux操作系统，Cray、IBM以及SGI等超级计算机开发商都是Linux的忠实拥护者。从表中还可以看出，在Linux系列中，SUSELinux (SLES)似乎更受超级计算机青睐。另据消息称在全球超级计算机500强中，Linux的市场占有率高达88.6%。
少数情况下，Linux与运行在计算节点（超级计算机用于实际运算的部分）上的操作系统内核共存于超级计算机中，但这些操作系统内核基本上也建立在Linux操作系统的基础上。例如Cray系列超级计算机运行的操作系统就是开发人员改良后的Linux，这种操作系统被称为CNL（计算节点Linux）。超级计算机为什么选择Linux？
IBM认为：Linux是一款开放的操作系统，我们相信经过改良，Linux能够在BlueGene系列超大型超级计算机上运行。我们可以从Linux的开源社区中获取社区成员对Linux的贡献与反馈，这是我们可预见到的Linux的强大优势。
