我国近代微生物学的启蒙时期是在十九世纪末。西方和日本学者对我国微生物学的早期发展曾起过重要作用。十九世纪80年代出版的一篇题为“人与微生物争战论”的讲演记录的译文，文中谈到疾病由“极细微之生物所成”，可能这是近代微生物学由西方传入中国的最早文字记载。20世纪初，西方学者开始在我国的一些研究所从事医学微生物学的研究，在一些高等院校开设有关课程，一批日本学者开始对我国的发酵产品，特别是我国酒曲微生物进行了较系统的研究。同时，一批到西方留学的中国科学家开始较系统地介绍微生物学知识。中国学者从事实际研究工作的，当首推伍连德，他在1910-1921年间用近代微生物学知识对鼠疫和霍乱病原的探索和防治，并总结了鼠疫流行的基本规律，提出了检疫措施，在中国最早建立了卫生防疫机构，培养了第一支预防鼠疫的专业队伍，在当时，这项工作居于国际领先地位，在国际上产生了很大的影响。30年代，我国学者开始对医学微生物学有了较多的实验研究，主要是在湖南湘雅医学院和北京协和医学院的细菌学系进行的，在那里培养了我国第一批医学微生物学家，如余贺、汤飞凡、谢少文、魏曦等，在医学细菌学、病毒学和免疫学等方面的个别领域做出过较高水平的成绩。魏岩寿是我国近代开始从事非医学微生物的应用微生物学研究的先驱。当时的实业部南京中央工业试验所和黄海化学工业社分别设立了酿造研究室和菌学研究室，在我国工业微生物学的早期发展中起了重要的作用。1922年戴芳澜等开始在我国介绍植物病害微生物，到30年代，张宪武、陈华癸等对土壤微生物，特别是根瘤菌固氮作用的研究，是我国农业微生物学研究的开始。不过，直到20世纪40年代后期，我国的微生物学研究和应用只有零星的工作，未形成我国自己的队伍和研究体系。新中国成立后的第一个十年，微生物学在我国有了划时代的发展。一批主要进行微生物学研究的单位建立起来了，抗生素、酒精厂等现代微生物工业在我国的诞生向微生物学工作者提供了展示才能的机会，一些重点大学建立了微生物学专业，开始有计划地培养微生物学工作者。在这十年中，选育了一批优良菌种，促进了医药工业和发酵工业的发展，获得了一些新抗生素以防治人的疾病和动植物的病害，大量培植和推广了根瘤菌、好氧性固氮菌和分解有机磷细菌，开展了利用微生物勘探石油的工作。在控制有害微生物方面，研究了传染病的流行规律，研制出多种疫苗，尤其是汤飞凡等分离并确证了沙眼病原体，是具有国际领先水平的开创性工作。在农业微生物学领域，研究了主要农作物及家畜家禽和养殖鱼类的病害及防治对策，还进行了工业原料防霉的研究。60年代，根据国家12年科学发展规划，进行了许多理论性研究的初步工作，现代化的发酵工业、抗生素工业和农药、菌肥工业已经形成一定规模。在70年代国内政治气候非常不正常的年代，曾经在全国出现过一个应用微生物的热潮。农村中大力推广发酵饲料、菌肥、植物生长刺激素、沼气发酵和食用菌栽培；在食品、皮革、纺织、造纸等工业部门推广微生物酶制剂，味精工业在此期间建立起来并得到较大发展，抗生素工业也有了大发展。用石油原料发酵生产工业产品也在这一时期进行过研究。虽然当时受到极“左”思想的严重影响，出现过许多违背科学的荒唐做法，但客观上使广大群众对微生物与人类的关系有了较全面的认识，而且广大群众在微生物育种和培养等方面有过一些创造。许多研究微生物的机构在此时建立起来了，不过多数只从事简单的应用性技术工作。
改革开放的20年中，我国的微生物学和其它科学一样，进入了一个全面发展的新时期。为迎接新世纪的到来，本着有所为有所不为的原则，我们在微生物资源的调查和开发、微生物次生代谢的研究、微生物与植物相互作用的研究、微生物致病与免疫机理的研究以及病毒的结构、功能及与宿主关系的研究作为当前的重点课题。随着创新工程的逐步推进，我国的微生物学将会有较大的发展。
