为了防除这些疾病，全世界虽然已经花费了无法统计的经费，但有些疾病的罪魁祸首却仍然没有被征服，甚至艾滋病的患者和感染者还在每年成倍增长。人类和病原微生物的斗争也许是一场永远看不到尽头的战争。因此有的学者认为微生物学甚至比别的学科重要得多，如果人类被病原微生物消灭了，其它科学又有什么意义呢？每个人都有生病的经验，但不一定了解为什么会生病。人和动植物都会患病，但不是所有的疾病都是由微生物引发的。例如血吸虫病是较高等的软体动物引起的，肺癌多半由环境因素（如吸烟）造成，流血不止的血友病则是遗传性疾病。虽然今天不是由微生物引发的疾病，例如某些癌症、心血管疾病和中风等在人类死亡原因中的比例逐年在增加，然而大量致病微生物却仍然给我们的生活带来了极大的危害，还是人类死亡的头号杀手。
致病微生物引起的疾病，即传染病种类繁多。传染病的发生、传播、预防和治疗，是医学微生物学的任务，也是微生物学的首要任务。
可以侵犯人体引起感染甚至传染病的微生物，叫做病原微生物，或称病原体。病原体中以细菌和病毒的危害性最大。病原体侵入人体后，人体就是病原体生存的场所，我们称为病原体的宿主，病原体在宿主中进行生长繁殖、释放毒性物质等引起机体不同程度的病理变化，这一过程称为感染。不过人体或动物不像人工培养细菌的培养基，可以让病菌不受限制地肆意生长繁殖，轻易地导致机体死亡。病原体入侵人体后，在发生感染的同时，能激发人体免疫系统产生一系列免疫应答与之对抗，这称之为免疫。感染和免疫是一对矛盾，其结局如何，根据病原体和宿主两方面力量强弱而定。如果宿主足够强壮，可以根本不形成感染；即使形成了感染，病原体也多半会逐渐消亡，于是患者康复；如果宿主很虚弱而病原体很凶猛，则感染扩散，病人将会死亡。除了宿主自身的力量，有效的抗菌药物和其它措施的协同作用也是必不可少的，在多种因素的共同作用下，大多数疾病是可以很快治好的。依靠不断发展的科学进步，总是能够不断控制和消灭有害人类和动物的微生物。医学微生物学是维护人类健康的利器。
