毒素有其消极的一面，是人类安全的大敌，但是，以毒攻毒，自古有之。在了解了毒素的结构与功能以及作用机制后，人类开始用毒素来作为有效药物。最明显的例子是肉毒毒素的临床应用。1980年，Scott首次将肉毒毒素注射入人眼肌，治疗斜视，代替了以前的手术治疗，成功纠正了眼位，开始了将其用于治疗人类疾病的探索。1989年，美国食品药品局批准A型肉毒毒素作为新药投产，用以治疗12岁以上人的肌肉紊乱性斜视、偏侧面肌痉挛和眼睑痉挛，还可用于许多其它肌张力障碍和运动失调等疾病的实验性治疗。1993年我国同类产品问世，在国内开辟了一个新的毒素应用领域。肉毒毒素治疗眼睑痉挛的有效率一般在80％以上，约50％重获正常的或接近正常的视觉功能。用此法治疗后，15％-50％的患者出现上睑下垂、视物模糊复视、局部痛胀感、睑外翻和眼部刺激症状等副作用，但轻微、短暂，且均可恢复。
A型肉毒毒素治疗痉挛性斜颈的有效率为53％-90％，其伴随症状如震颤、肌痛等也得以缓解。起效时间平均为一周，症状改善的最佳期在3个半月，大约持续6周。副作用为注射部位及周围疼痛、颈肌无力、吞咽困难、恶心等，以吞咽困难最常见，多数副作用在停药两周内自愈。当然FDA批准的A型肉毒结晶毒素必须有严格的质量规范。对可以配成药物并用于肌肉注射的A型肉毒毒素，如果使用浓度过高，发生副作用则后果更为严重。
A型肉毒毒素局部注射是目前治疗痉挛性发音困难的最有效的方法。注射点选择声带，声音症状改善率80％-100％，副作用包括短暂的发音弱、声嘶及抽气。
用A型肉毒毒素注射震颤肌肉的4-6个不同解剖学位点。治疗后所有患者功能中等程度或显著改善，67％的患者震颤幅度下降。
还有一些与不自主肌肉震颤有关的其它疾病也可用肉毒毒素治疗，这包括手震颤、喉肌力障碍、因脊髓损伤引起的神经原性膀胱、直肠括约肌痉挛、中风后的肢体肌肉痉挛、多发性硬化症引起的腿痉挛和脑瘫儿童的痉挛状态。肉毒毒素对运动机能亢进和肌肉紧张性失调也有作用，包括抽搐、磨牙症和肌肉痉挛引起的疼痛也有作用。
