对水环境监测的指标主要有化学需氧量（COD），生物需氧量（BOD），固体悬浮物（SS），TOD，NOD，细菌卫生学指标（大肠杆菌）等。COD是指在一定条件下，用强氧化剂处理水样时所消耗氧化剂的量，以氧的毫克/升来表示。它是度量废水中还原物质的重要指标。
BOD是指在20度下培养5天测定的溶解氧的消耗量，它反映了废水的可生化程度。
固体悬浮物（SS）是指水中不能通过过滤器的固体物质。
TOD是指有机碳、NH4＋和有机氮被氧化过程中所消耗的总氧量。
NOD是指样品中含氮化合物在被微生物氧化过程中所消耗的氧气量，一般是测定总氮量。
对水体中微生物的检测主要集中在病原微生物的检测上，如沙门氏菌属、霍乱弧菌及各类容易引起疾病的病毒。通常对饮用水来说，检测大肠杆菌的数量以确定水被粪便的污染程度。
对废水中具体的有毒物质的检测需要按照物质的不同进行不同的检测实验。如对致癌物质可采用艾姆斯实验检测。对各种农药等化学物质也要参考有关的具体方法。