遗传学与细胞学的联姻1927年春天，麦克林托克获得康奈尔大学的博士学位。她留在那里继续研究玉米中每一条染色体的形态特征以及与遗传性状的关系。那段时期可谓是玉米遗传学的黄金时期。1927年秋，比德尔（G·W·Beadle）来到植物育种系，在爱默生的指导下做博士论文。1928年秋，罗兹（Marcus M·Rhoades）也来到该系，同样在爱默生指导下做博士论文，罗兹后来成为麦克林托克亲密的同事和朋友。英雄所见略同，这些耕耘于玉米遗传学领域的研究者，都迫切地意识到探索染色体和基因之间相互关系的重要性。这是一个和谐友爱的集体，大家共享信息，也共享成功的喜悦。正是在这里，麦克林托克在玉米的细胞遗传学方面发表了一系列高质量论文，其成就堪与当时正在飞速发展的果蝇遗传学相媲美，并深受遗传学界巨子——摩尔根的赏识。
由于麦克林托克已能精确地鉴定玉米细胞中每一条染色体的形态特征，这就为细胞学与遗传学的联姻提供了良好的条件。到1931年为止，在麦克林托克及其他人的努力之下，在玉米中所发现的10个遗传连锁群已与10条染色体之间建立起了一一对应的关系。相比于果蝇遗传学，玉米遗传学自有其得天独厚的优势。由于果蝇的染色体十分微小，其精细特征难以辨认，所以摩尔根学派对遗传学染色体学说的贡献主要是基于对交换实验的推断，缺乏从染色体的直接观察中所得到的证据。相形之下，玉米的10条染色体在形态上，有明显可辨的特征。
事实证明，麦克林托克在这一时期所从事的玉米细胞遗传学研究，为她以后发现基因转座打下了坚实的基础。1931年，麦克林托克发现，9号染色体在其短臂的末端有一个明显的结。具染色结的染色体携有基因C（糊粉层有颜色）、基因sh（胚乳呈皱缩型）和基因wx（胚乳为蜡质型）。遗传学交换实验表明，这些基因的次序为wx—sh—C，并且它们都位于具染色结的短臂上，因此，可以确定染色结和这些基因之间为一连锁关系。这一实验不仅令人信服地证实了基因与特定染色体之间的关系，而且它还是发现“转座”的序曲。因为麦克林托克首次发现转座基因（Ds）就是位于这一结节附近，它对基因C所产生的影响，导致玉米籽粒的糊粉层显示出斑斑点点的景观。
1933年，果蝇幼虫唾腺巨大染色体被发现。这种巨大染色体要比减数分裂时的染色体和体细胞中的染色体大上200倍。唾腺染色体上有明显的横纹，横纹的相对大小和空间排列是恒定的，可以作为识别唾腺染色体的标志。这一发现为果蝇遗传学的飞速发展添上了强有力的翅膀。自此以来，玉米在遗传学中的地位无法再与果蝇相抗衡。而对于急功近利的遗传学家来说，一年才熟一季的玉米也实在让人等得心焦，而几个星期就能繁殖一代的果蝇，则为观察突变的发生提供了更为快速的捷径。于是，玉米成了被冷落的灰姑娘。然而，麦克林托克却对玉米情有独钟，她穿着缝有许多口袋的工作服，冒着酷暑，继续穿梭于玉米地里，细心地观察幼苗、籽粒上的斑斑点点，并在显微境下检查其染色体行为，而玉米对她的最好回报就是向她倾诉了许多有关染色体以及基因的奥秘。
