从误解到理解在1951年的冷泉港学术研究会上，麦克林托克通报了她对转座理论的研究，然而出乎意料的是，当时一流的遗传学家却无法理解她所用的语言，麦克林托克受到了前所未有的冷遇。
就经典遗传学而言，摩尔根的基因理论强调的是基因的稳定性、突变的随机性。比德尔“一个基因一种酶”学说突出的是基因的功能性，亦即它编码合成蛋白质的能力。然而，转座理论恰恰与此相对立。麦克林托克强调的是，基因可以在染色体上不同位点之间、甚至在不同的染色体之间跳来跳去。稳定的基因竟然能随意移动，在当时看来这近乎天方夜谭。麦克林托克还认为，基因除了编码蛋白质之外，它还是一种控制因子，比如Ac-Ds体系。对于控制因子来说，它的任务不在于编码任何蛋白质，而只在于调节、控制其它基因的有序表达。这样一种控制的概念，对于经典遗传学家来说也颇为生疏。
从另一方面来看，对于转座概念的拒绝，也反映了经典遗传学方法本身的局限。由于用经典方法所得到的结论往往是间接的逻辑推理的产物，而对于“转座”这样大胆的观点，在没有直接看到这种现象的时候，遗传学家宁可采取怀疑的态度。很显然，若是没有70年代细菌遗传学的证实，“转座”恐怕仍不会被接受。此外，“转座”现象当时仅在玉米中发现，由于缺乏普遍有效性，要科学共同体接受这种理论也是很困难的。可见，经典的方法往往会受到实验材料的限制。除了玉米之外，酵母、果蝇、细菌等转座现象都是用分子方法发现的。麦克林托克一生都对玉米情有独钟，而玉米也正是她走向成功的关键。最近，美国科学家发现在玉米基因组的20亿个碱基对中，其中转座因子就占了一半以上。这简直是命运对麦克林托克特别的垂青！如果不是以玉米作为实验材料，也许我们今天还无缘与“转座”相识。
同样是关于基因调节的概念，60年代初，当雅可布（Francois Jacob）和莫诺（Jacques Monod）在大肠杆菌中提出“操纵子”模型时，立刻就引起分子生物学家的普遍反应。其原因在于雅可布和莫诺所使用的研究对象是为大家所熟悉公认的大肠杆菌。操纵子模型提出之后，麦克林托克欢欣鼓舞，因为她希望基因的调节概念被大家接受之后，她的转座理论也能为大家所承认。她立刻发表文章，将操纵子模型与转座体系进行类比，认为操纵基因与调节基因相当于玉米转座体系中的Ds-Ac控制因子，它们都担当起控制与调节基因表达的功能。但遗憾的是，分子生物学家虽接受了大肠杆菌中的操纵子模型，却仍然无法接受玉米中的转座体系。
20世纪70年代以来，当细菌、酵母、果蝇中陆续发现转座基因的报道之后，人们才想起麦克托克早在20世纪50年代初就对玉米中的转座基因有过透彻的研究和报道。至此，麦克林托克那曾被看作是天方夜谭式的异端思想，才逐渐融入当代科学思想的洪流之中，随之各种荣誉也接踵而来：冷泉港授予她“卓越贡献成员”荣誉称号，1978年获罗森蒂尔奖，1981年获拉斯克基础医学研究奖（此奖有最佳诺贝尔预测奖之称）、麦克阿瑟基金会奖和以色列的沃尔夫基金会奖。1983年。她终于摘取科学界的最高桂冠——诺贝尔医学与生理学奖。
