钟情于经典遗传学方法与现代的分子生物学家相比，麦克林托克具有独特的研究思想与方法。在物理学、化学的熏陶下成长起来的新一代分子生物学家，他们更看重的是对象的结构而非功能。他们习惯于采用简单明了的分子克隆方法，将插入顺序提纯出来，然后进行分子结构的分析。但是如此一来，这样的死分子也就失去了其活泼、能动的生物学功能。所以，当分子生物学家与麦克林托克刚刚开始合作时，他们之间甚至无法交流——因为两人说的不是同一种语言。前者仅关注于什么材料合适于克隆。对此，麦克林托克带着惊恐甚至是轻蔑的眼光。当时，分子生物学家已经发现，噬菌体的染色体能插入细菌基因之中，它类似于玉米中的转座因子，但是，麦克林托克拒不同意这样一种简单的类比，她强调真核生物的复杂性，仅相信遗传杂交实验所阐明的一切，她还断然声称：控制因子（Ac、Ds）是一种基因，但却是一种不同寻常的基因，这不仅表现在它们的功能上，而且也表现在它们的性质上，亦即Ac、Ds不是由具体的物质分子所组成，它们仅代表了染色体特定结构的一种改变形式。最终，玉米中的转座因子（Ac、Ds）被克隆，其分子顺序也被测定，Ds因子具有双倍的结构，所以能导致染色体的断裂。随着转座因子的插入，染色体的DNA分子也确实变长了。在这一点上，分子生物学家的做法显然是正确的。
麦克林托克的教育背景以经典遗传学为主，相比于分子遗传学，经典遗传学有其独特的优越性，因为它直接将基因与功能对应起来，省去了中间过程，而不是像分子遗传学家那样，仅关注于基因决定蛋白质的过程上。这就对想象力的发挥以及直观的逻辑推理能力的运用，提出了更高的要求。对麦克林托克来说，她主要是用她的眼睛以及直觉推理能力，再辅之以显微镜和少数简单的反应物（试剂），当然还有正确的杂交试验，她选择、分析、保存了大量有用的玉米株系，提供给任何对此感兴趣的人（甚至还有从未种过玉米的分子生物学家）。麦克林托克的过人之处在于，她看重偶然的失败，认为这正是线索的开始。凭着一双训练有素的眼睛，她总能看出一些不寻常的事例，比如有色背景上无色区域的分布，或是染色体上某一特殊位点的断裂（不同于其它事件引起的随机断裂）。而接下去的推理又是如此复杂，对事实的分析一环紧扣一环，以至令许多遗传学家难以理解。但是，它却充分展现了人类智力以及想象力所能达到的深度。正是在此意义上，麦克林托克认为，人类基因组这一宏大工程仅仅是一种编织手艺，因为它从根本上缺乏深刻的原创性和恢宏的想象力。也许这正可说明，麦克林托克对于分子遗传学方法冷淡的原因。虽说麦克林托克没有受过正规的分子遗传学训练，但她自40年代起就一直在冷泉港实验室这一分子遗传学研究的中心工作，她长期与分子生物学家共事，每次学术报告她都不错过，并且总能提出一些发人深省的问题，可见她是完全跟得上分子遗传学的前进步伐的。正如她钟情于玉米一样，她也钟情于经典遗传学的方法，因为它富有想象力，并且直接面对活生生的功能。
