创世战争结束后，黑太子统治的帝国崩溃了，数千年来支撑着人民信仰的宗教也逐渐没落。在情势下，主神教的主教蔡斯尔趁机在凯西尔帝国建立起新的信仰。蔡斯尔极有野心，他借宗教之名扩展己的势力，搜刮民脂民膏，同时联合新兴贵族以巩固权势，大肆利用宗教审判整肃异己。在忍无可忍的况下，古帝国的贵族和普通百姓组织起秘密的抵抗势力，反抗蔡斯尔的主神教和各地领主的暴政。这个织就叫做'哲彼尔.番勘'！创世战争结束后，黑太子统治的帝国崩溃了，数千年来支撑着人民信仰的宗教也逐渐没落。在情势下，主神教的主教蔡斯尔趁机在凯西尔帝国建立起新的信仰。蔡斯尔极有野心，他借宗教之名扩展己的势力，搜刮民脂民膏，同时联合新兴贵族以巩固权势，大肆利用宗教审判整肃异己。在忍无可忍的况下，古帝国的贵族和普通百姓组织起秘密的抵抗势力，反抗蔡斯尔的主神教和各地领主的暴政。这个织就叫做'哲彼尔.番勘'！
风雨之夜，闪电划开天幕，照亮了因贝鲁监狱阴森的轮廓。对不幸到此的囚犯来说，这座监狱如同人间地狱，由于恶劣的环境和艰苦的劳作，囚犯常常不出几年就被折磨死了。“因贝鲁”既是监狱是要塞，地势极为险峻，使无数囚犯逃狱的希望化为泡影。
可偏偏有人要跟'因贝鲁'较量。为解救被俘的同伴，'哲彼尔.番勘'对'因贝鲁'发动了奇袭。 '彼尔.番勘'第一部队队长梅迪西率领队员趁乱由南边入口突入监狱，然后兵分二路，梅迪西和陆一、普斯一组，负责救人。进入内部二层，西南的房间里有一个宝箱，内有六个超级恢复药。下到内部一层，往下通往地下监狱的门是上锁的。在这层西南方的仓库中找到五把万能钥匙，打开通往地下监狱的门。下监狱由右至左有五间牢房，使用万能钥匙依次救出同伴迦因，密利和恩伟。恩伟请求顺便救出隔壁牢的难友，万能钥匙却打不开那个牢门。时间紧迫，梅迪西让大家先走，然后运功打破牢门。里面的囚犯希罗尼。（如果直接来到希罗尼的牢房处，先救出希罗尼的话，其他人会自动被解救，能省下万能钥匙）回到地下二层入口处，追兵已至。往左方移动到尽头，无路可走了！两人只好硬着头皮往下跳…
落地后，发现周围堆满了骸骨，原来这里是监狱处理囚犯尸体的地方。解决了一只三头怪物后两人在洞穴中摸索前进，终于找到出路，来到外面与同伴们会合。接着希罗尼婉拒了梅迪西让他加入'彼尔.番勘'的邀请，说身有要事，告别大家后离开了。
终于自由了！在无人处，希罗尼回想起了13年前的事…当希罗尼恢复意识时，又已回到伊吴莲房中。（可怜的家伙！你数数，从开始到现在，他都晕几次了？）伊吴莲问希罗尼到底是谁，希罗尼说出自己的名字和身世，曾与伊吴莲一同参与神之战争的史顿，正是他的先祖。伊吴莲也看出希罗尼的体内流着黑暗神狄慕斯的血，于是告诉他拔不起剑的原因阿修罗剑并不认他是主人，因为希罗尼还不懂得剑术。伊吴莲答应教希罗尼'剑术的五义'，算是还他先的人情！
不知不觉，希罗尼已经向伊吴莲学了一年多的番迪来建剑术以及魔法等技能。这天，伊吴莲交希罗尼一把短剑和10点的经验值，并正式向其传授'第一章：剑的种类和战斗的概念'。她要求希罗尼自去修练，每当修练到一定程度，才能继续下一章的学习。如果累了，可以回到房中休息，补充生命力及力。于是希罗尼出门，沿途找些怪物来进行修练。走到'暴风岛森林与海边'地点A处后，回到了伊吴莲，学习'第二章：魔法'。伊吴莲传授了冰系魔法，希罗尼又得到10点经验。修练至'暴风岛森林与海边'图B处后，回去习得'第三章：细剑和中剑'，并得到一把突击剑和30点经验值；在到达'暴风岛森林与海'地图C处后，回来学习'第四章：初级防御'，得到40点的经验值；接着从'暴风岛森林与海边'地图D处来，可学习'第五章：中级防御'，并得到葛拉笛斯之剑和50点经验值；到达'暴风岛森林与海边'地图E后，回去学习'第六章：战术和装备交换'。此时伊吴莲告诉希罗尼，可以到更远的暴风岛山洞内修练。入山洞，到达'暴风岛山洞'地图F处，回去后伊吴莲教授了'后章：必杀技'，并给希罗尼一把她以前所用过的古代魔剑和100点经验值。（以后的剧情中这把剑能改造成魔剑，到时候威力和价值会比现在大几倍！）
伊吴莲表示已经没有什么可以教希罗尼的了，现在希罗尼要靠自己的实力去取阿修罗剑。告别伊吴莲，出门后先在全岛逛一遍，可找到一些宝箱。在岛的东南方有位卖道具的因犯，补充一下必要的西。进入暴风岛顶上山洞后，先将山洞里的宝箱搜罗一番。终于再次来到阿修罗魔剑面前，大步向前拔，突然出现一个巨大的怪物－阿修罗剑的原形。打倒它后得到力量戒指和阿修罗魔剑。
暴风岛码头,伊吴莲将希罗尼送上回沙伊利思的联络船。她告诉希罗尼：阿修罗剑虽已认希罗尼主,此后只有当XP值最高时才能召回魔剑并使用它，可使用的时间很短；而以希罗尼现在的功力，还不使用黑太子的阿修罗破天剑法,还需多多修练！临别时，伊吴莲又赠送给希罗尼一件昔日黑太子所穿的风。谢过伊吴莲后，希罗尼登船离开暴风岛。看着伊吴莲的身影渐渐消失，回想一年多来伊吴莲的教导照顾，让人不禁想知道：这位姐姐为什么独居荒岛，又为什么对希罗尼这么好呢…由南门离开凯西尔城，向东南穿过树林迷宫，来到了尼可西亚村。从东面走出村子，沿盘山路山顶，见到一个大教堂－尼克西亚教会。进教会往右走，见到一群人。其中一个叫克丽丝的看起来对于罗尼等人怀有敌意，拿手枪指着众人。爱斯美若达看到对方有受伤的，上前为他们疗伤，消除了紧张气。谈话后得知克丽丝有通往教会西边建筑的钥匙。于是爱斯美若达留下照顾病人，克丽丝加入队伍。往边走出教会，来到教堂西面的山坡，发现了蔡斯尔秘密制造的魔障机。魔瘴机突然启动，经过一番苦战倒魔瘴机，得到EXP 3500，ELD 4400 以及阿斯特拉长枪。对付魔瘴机时，最好用巴斯塔剑，它有时能够挡住魔瘴机的攻击，一般的剑容易折断。这时克丽丝要求加入'哲彼尔.番勘'，于是带着克丽丝回基地。
回到'哲彼尔.番勘'作战会议室，克勒杰比告诉大家，最近收到利甫比的女领主爱思德.朵丽的援。爱思德跟凯西尔教会的关系并不亲密，克勒杰比决定前往利甫勒比援助爱思德。
穿过丛林和沙漠，来到利甫勒比村。村里有个卖镜子的老爷爷，他的镜子不用钱买，只送给被子选择的人，去试试看吧。在村庄内还遇到许多奇特的事：
圣器的故事：从村庄北边广场上的女人那里听到三段故事，并告诉众人其余部份要到罗安市才听到。
利甫勒比路上大桥的故事：原来那座桥是为纪念一位少女的牺牲而建造的，听完后可得到杰皮子。
到酒店跟老板谈完话后，到村庄北边，在左边的民房内有个人会给你一个铜币，要求帮他买酒回到酒店用铜币买了酒，回到原地，那个人就会送你礼物。
在旅馆内听到有人谈论斗技场的事，然后到村庄北方就会发现一间原本打不开的民房，现在可进入了。进入后在房内发现一封信和斗技场的钥匙。到利甫勒比的斗技场，用钥匙开门进去，发现一处窟。在洞窟内绕了半天，老是在原地打转，难道是'鬼撞墙'？！看到路标上写着'路在你的脚下'，试着影子所指的方向走，走到影子在脚下时找到秘密通道。进秘道后先往上，接着仍然朝影子方向走，可取魔法'爆雷天降'。注意，离开斗技场后就无法再进入了。为了以两万兵力对抗十三万侵略军，克勒杰比部署了名为“天龙任务”的作战计划。希罗尼的务是潜入敌军后方，切断敌军的补给线。向东北走，绕出山岭以后进入一个迷宫，里面有很多循环路线解决方法是在提示出现后，走东北方新出现的路，然后选东方的路，绕回原处后再选东方的路，循环几后便可以离开。在山坡上找到敌营，打败几名守卫后任务就可完成。
此时传来克勒杰比的消息，原来由于力德哈特和梅迪西的冒进，我军的补给线给也被敌军占领。现在要求希罗尼能够夺回我方的补给线。向北绕过山岭，穿过山洞后回到位于我方补给线的悬桥。在达桥中间时先存档，同时尽快完成补给。守桥的敌军很强，尤其是首领佧他丽娜，战斗比较艰苦，建议集中力量对付佧他丽娜。
夺回补给线后，我方势如破竹，很快取得了全面胜利。先公后私，回到营地，希罗尼决定与富得利决斗，把双方的恩恩怨怨作个了断。黎明的山顶，富瑞得利准时赴约，他有25000的hp，建议给希尼装备两把HP比较高的剑，并带上“女神祝福”。一场恶战后，希罗尼获胜。原来在人神混战的“创世争”后，蔡尔斯利用人们的信仰危机，创立新教，当上了大主教，并企图用武力统一帝国，但遭到当时大家族“史班顿”家的反对。于是他便利用“禁书事件”监禁希罗尼，待其父率兵救子时借机消灭史班家族。富瑞得利就是当年在战斗中杀死希罗尼父亲的凶手，他对此供认不讳，只求一死，当他得知妻子是希罗尼的爱人倍感震惊。出乎意料的是，希罗尼并没有杀他，在山风中站立许久后悄然离开了。
回到驻地时，人们在房间里发现了富瑞得利的尸体。大家都认为希罗尼杀了富瑞得利，希罗尼口莫辩。在远方的罗安，梅尔西迪斯和克丽丝得到富瑞得利的死讯，相对垂泪。这时居心叵测的蔡斯尔来了一瓶毒酒…
克勒杰比带来了梅尔西迪斯的信，要希罗尼到罗安见面。克勒杰比问希罗尼要不要去，希罗尼回答将影响游戏的结局。游戏会提供四个回答，选取第一个直接去罗安见梅尔西迪斯，将进入A结局，其它三个可分别听三位女孩爱的告白。
A结局（决定去见梅尔西迪斯的结局）：
希罗尼坚持要去见梅尔西迪斯。在罗安的富瑞得利宅邸，梅尔西迪斯责问他为何杀了富瑞得利希罗尼悲愤莫名，喝下桌上蔡斯尔留下的毒酒，以死来表明自己的清白，并说这一切都是蔡斯尔捣的鬼梅尔西迪斯这才恍然大悟，伤心之余也喝下毒酒。临死前，梅尔西迪斯表示十五年她一直爱着希罗尼，克丽丝也是他的女儿。
