首先是在珍珠养殖方面，表现为近亲繁殖，种质退化。据了解，大部分插核育珠的母贝几乎全部来源于人工育苗，由于忽了优质种苗的生产和优良品种的选育，育苗场追求贝苗产量，养殖场只求贝苗的价格低廉，几十年来反复应用人工育苗养成的母贝作亲贝，造成近亲繁殖，种质退化、早熟和早衰。造成母贝生长慢，生活力减弱、死亡率高、珠粒小和珠质差的内在原因。
另外，珠农素质低，育珠技术落后。专家介绍，目前植核母贝不经术前处理，多数珠农文化程度不高，大部分植核人员未经严格培训，植核技术一代不如一代，造成出珠率低和出废珠多。此外，超负荷养殖，场地老化也制约了优质珍珠的生长。多数养殖场水域超密度养殖，造成饵料和营养物质缺乏，生态环境恶化，场地老化，使珠贝摄食不足，体质衰弱，病害较多，育珠贝死亡率高，珍珠质量差。育珠时间短，珠层薄，海水珍珠目前育珠时间一般都不到一年，部分珍珠层达不到商品规格，影响珍珠质量和价格。
其次，在珍珠加工方面，自从引进日本珍珠加工技术以来，我国珍珠加工质量有了明显的提高，但是和现在日本加工技术相比，差距仍然很大。有关专家认为，我国引进的技术只相当于日本20世纪80年代的加工技术水平。该工艺主要缺点在于漂白周期长，加工耗电大，漂白的珍珠白度欠佳，光泽受损且染色颜色不显眼，珍珠层粉、珍珠粉、珍珠膏霜类化妆品和其他美容保健药品的科技含量不高，另外，珍珠贝肉、贝壳等附加产品利用层次低和利用率低影响了珍珠的升益增值。
四是市场调控方面。按照价值规律，珍珠的价格受制于市场的供求关系。目前，珍珠特别是淡水珍珠产量的大幅度提高，对珍珠市场的影响是非常大的，供求关系的失衡是珍珠产业健康发展的最大障碍。尽管前年已颁布了珍珠的国家标准，但缺乏操作性，行业内部竞争基本上处于一种无序状态，这是珍珠业发展的一大顽症。虽然各地都成立了珍珠行业协会，但尚未能够指导协调珍珠行业的发展，缺乏对珍珠行业的监督管理，影响了珍珠业的发展。
