第93集--航海的乔依，破浪前进吧
小智一行人在海上遇到快速划着独木舟前进的乔伊、原来她在橘子诸岛上到处为神奇宝贝看病、却碰上火箭队的阻挠、最后在鲤鱼王进化成的暴鲤龙搭救之下、终于突破困境、实时为小海狮看病。
第94集--奈普鲁道馆雪山之战
橘子群岛的奈普鲁岛上正中央耸立着一座雪山，奈普鲁道馆就在那上面。由于道馆留下的约定，小智只好硬着头皮爬上山。路上遇到的朋友小丹，自愿与小智一起爬山。这个道馆训练家隐瞒身份确认小智的能力以后，才提出和小智比赛的要求。这时火箭队出来捣乱，又照惯例的帮了小智倒忙。
第95集--大胃王比卡兽！大恐慌！
为了出场橘子联盟大赛，小智等人获得了第二个徽章。接下来要去的是七个岛上结很多文旦的果实七岛。小智等人抱着轻松心情到岛上，却因为意外的事件被岛上居民奈奈当成了小偷。解开误会后，小智等人得知奈奈正在烦恼文旦小偷的问题。到底这个文旦小偷是谁？
第96集--幽灵船跟幽灵神奇宝贝
在橘子群岛旅行的小智一行人为了暂时休息，来到了斯达奇岛。在那里的海边神奇宝贝中心和大木博士连络后，知道正好在斯达奇岛近海发现的沉没船上有类似三百年前橘子连盟冠军奖杯的宝物。而那个奖杯就放在小智等人现在所在的斯达奇博物馆内。于是小智等人计划隔天一早就去观看，谁知火箭队已经听到这个消息…
第97集--喵喵之岛
小智等人今天依然在橘子群岛旅行。跟踪他们的火箭队也是。火箭队一如往常老是被小智等人击败，可是这次喵喵飞走的方向跟武藏和小次郎不同。喵喵着陆的地方是神秘猫之岛，那里的岛民传说在白色满月的夜晚〞喵喵神〞会出现，而崇拜喵喵神像。岛民们把偶然掉到岛上的火箭队的喵喵当成传说中的喵喵神，开始祭拜…
第98集--飞天螳螂，战士的尊严
小智一行人来到马扣克岛，救了一只受重伤的飞天螳螂。原来他是捍卫头目之位失败被赶出来的老战士。火箭队来到岛上使用卑劣手段捕飞天螳螂，老战士奋不顾身想回去救同伴，感动小智等人…
第99集--南方之岛，全员大集合
小智一行人来到无人岛，决定在那里休息一天。刚好火箭队也来到岛上渡假。这次火箭队利用大食花的睡眠粉，想把一行人迷昏后偷走神奇宝贝。谁知飞天螳螂跟喷火龙都没有睡着，还把大伙都吵醒…
第100集--四天王科拿，冰之战斗
小智等人来到小橘子岛，适逢四天王之一的科拿小姐到岛上演讲。面对小霞极度崇拜的科拿，小智自负的认定也许自己能够打败科拿。于是科拿给不知天高地厚的小智上了一课…
