第60集--华蓝道馆！水中之战！
小智等人来到华蓝道馆，小霞被抓去表演水中芭蕾人鱼公主。火箭队也闯来捣乱，想抢走水系神奇宝贝，但是被进化的白海狮打败。虽然如此，表演还是大受欢迎！
第61集--皮皮对抗胖丁
皮卡丘被制造火箭的皮皮给抓去当发动机。跟着小智偷偷到火箭的胖丁跟皮皮们发生争吵，打昏了好几个皮皮。最后火箭发动了，小智跟火箭队还在火箭上面呢！他们命运将会如何呢？
第62集--常盘道馆！最后的徽章！
小智等人来到常盘道馆挑战，遇到小茂。小茂先进入挑战，遇到火箭队老大拿出的神秘的神奇宝贝，遭到惨败。轮到小智挑战时，火箭队的两人一猫代替道馆训练家接受小智的挑战。当然，他们被小智打败了，小智于是得到第八个徽章。
第63集--神奇宝贝马戏团的吸盘魔偶
马戏团长阿津找小智扮演吸盘魔偶。因为她的吸盘魔偶训练不当，不肯表演。火箭队的人不知情地把小智扮演的吸盘魔偶抢走。小智表露身份逃回去，火箭队的人又卷土重来，想再次抓走吸盘魔偶，而遭到阿津的吸盘魔偶跟小智妈妈的吸盘魔偶连手攻击，被哑剧制造出来的墙壁给困死…
第64集--红唇姐的圣诞节
武藏为了报复14年前被拿走宝贝娃娃的事，跟踪帮助红唇姐回去圣诞老人小岛的小智一行人，计划抢走所有礼物以做报复。乘龙解救了圣诞老人与小智等人的危机，虽然误会冰释了，两人还是大打出手。最后武藏三个当然是惨遭修理啦！
第65集--用大岩蛇露营
小智一行人的旅途，被风雪阻碍地待在雪山当中，为了拯救皮卡丘，使得小智与小刚等人分散。神奇宝贝们共同度过寒冷，更借着神奇宝贝们的帮助而越过雪山．．．
第66集--宿敌大决斗!大木研究所
小智等人来到大木研究所，在那里遇到了小茂，众人一起顺便了解大木博士的研究生活。想要抢夺皮卡丘的火箭队这时又来捣乱，在研究所广大的庭院中迷路许久以后，他们终于遇上小智等人，可是双方还来不及大打出手，火箭队二人一猫就被横冲直撞的一群肯泰罗给撞飞了!
第67集--当呆呆兽变成呆河马的时候
为了解开大木博士苦思不解的疑惑，小智一行人来到了风光明媚的比努海岸。借着西野森教授所饲养的呆呆兽及武藏所收服的大舌贝，让大木博士等人解开这进化之谜
第68集--踏浪皮卡丘的传说
小智等人来到比努海岸做特训，小智在海中脚抽筋遇难时，幸好被敏川特与马奎尔救起。这一人一皮卡丘的组合，背后有着感人的故事。敏川特是否能战胜这20年一度的大海浪，为比努海岸创造一个的传说呢？
第69集--植物园的臭臭花
小智等人来到村雨植物园，妙蛙种子在那里喜欢上臭臭花，小刚在那里喜欢上园主林子。林子有个烦恼，为了继成家业，应该进化的臭臭花迟迟没进化成霸王花。刚好火箭队又来捣乱，在小刚的鼓励下，林子拿出她的臭臭花应战．．．
第70集--神奇宝贝MP4电影
南野导演为了拍摄由神奇宝贝们演出的MP4电影，所有的神奇宝贝均一一地跃上大屏幕，以胖可丁及可达鸭领衔主演的爱情剧，在火箭队及小智们一番对战下而热热闹闹地开拍着。