想成为神奇宝贝大师的小智,以及与小智共同旅行的小霞和小刚。三人经过一个美丽的森林,入内小憩一会儿。在大伙休息得正舒服时,皮卡丘注意到草丛中的影子。那双注视着他们的,原来是野生皮卡丘。皮卡丘注意到他的存在而向森林深处追去,不顾小智的呼喊……。
第39集--伊布四兄弟
小智等人在林中小径遇见一个备有水与食物的盘子,被人用绳子绑在树干上的神奇宝贝伊布。乍看之下像遭人抛弃的野狗,可伊布脖子上却绑着〞石头镇三段14号,太一〞刻着训练师名字与地址的金属牌。打开地图发现石头镇就在前面不远。小智等人带着伊布按照地址寻找,来到超级大豪宅。里面还传出欢迎的鼓掌声,这里面真的有伊布的训练师吗?
第40集--醒来吧!卡比兽!
旅行久了是会肚子饿的。小智等人来到某个村子觅食。可是这个村子的面包店跟青菜店全都没有粮食,餐厅也是什么都没有。无计可施的小智等人因为饿得太厉害无法走动时,村子长老出现招待他们大吃一顿。小智等人在长老家中了解村子是因为遭到干旱而落此现况。为了报达这一饭之恩,小智等人决定到河川上游调查原因。
第41集--神奇宝贝道馆的决斗
小智等人来到黑暗市,被卷入亚斯道馆跟卡兹道馆的纠纷。小智劝和不成,反遭攻击,幸好皮卡丘大展神威,制伏他们。这时候乔伊出面....
第42集--椰蛋树军团大前进
为了让大家看他表演魔术,马健使出险招,想利用椰蛋树的催眠能力,谁知火箭队埋伏在后,一番乱斗,害得椰蛋树丛失控向城市奔去....。
第43集--派拉斯跟派拉斯特
发高烧的喵喵被清美救起,因而对清美一见钟情,想施恩于清美制造机会留下来当店门口的招财猫。可是清美的神奇宝贝派拉斯却是个胆小鬼,战斗意志太弱,怎么也无法进化成派拉斯特....
第44集--胖丁唱歌吧
小智等人来到霓虹镇。镇上的人因为睡觉太少,连君莎在内都变得脾气火爆。受不了镇上的吵杂,来到森林的小霞遇到一只不能唱歌的胖丁,经过一番努力,胖丁终于唱歌了,可是听众全部睡着……。
第45集--复活?化石神奇宝贝
小智阻止火箭队炸坏大傻谷失败,与火箭队等人一起掉进古代神奇宝贝沉睡的洞窟。一阵混乱之后,化石翼龙飞出洞窟咬走小智,火恐龙为了救小智,进化成喷火龙与化石翼龙决斗....
第46集--吉利蛋的病历簿
皮卡丘吃果实卡住无法呼吸,小智急着抱它求救。杜医生才刚治好皮卡丘,又有许多神奇宝贝因车祸受伤需要治疗。医院人手不足,在场的小智等人就被找来当助手了....。
第47集--卡蒂狗跟小次郎
小次郎的父母假死引离家出走的小次郎出面继承遗产。小次郎一直顽抗,而武藏与喵喵见钱眼开,强迫小次郎顺应父母之意继承遗产。谁知小次郎长得与武藏一模一样的未婚妻鲁美嘉是怪人....。
第48集--大葱鸭的鸭
小霞跟火箭队的宝贝球都被带着大葱鸭的圭太给骗走。后来可达鸭自己逃出,在可达鸭带领下,小智,小刚,小霞带着君莎去逮捕圭太。为了教训圭太,小智要求做神奇宝贝比赛。大葱鸭出人意料的打败妙蛙种子....。