第26集--艾莉嘉和臭臭花
小智在香水店批评香水，不只被赶出门，还不准进入道馆。这时武藏献计让小智扮女生去当门徒，他们扮演小智的父母。火箭队在道馆内偷走东西后就纵火，小智救出臭臭花，获得彩虹徽章。
第27集--索利柏与神奇宝贝催眠
彩虹市在三天前开始，就发生许多小孩失踪，神奇宝贝昏沉的奇怪案件。小智等人循线追查，发现是三天前进化的索利柏的影响。这时火箭队也出现来抢走索利柏，双方又一场混战。
第28集--六尾，饲育家大决斗
小智等人来到顶尖饲育家们聚集的美容街，武藏与小次郎在这里开店把神奇宝贝打扮得怪模怪样，并企图趁机偷走珍贵的神奇宝贝。小刚带领小智来找小雪，得知火箭队的作为，而与小智等人一起跟火箭队火并起来。
第29集--格斗神奇宝贝大战斗
神奇宝贝的格斗选手权大会，Ｐ－１大赛要召开了。为了让爱美的父亲不再沉迷于格斗，小智带着火爆猴想去打打爱美爸爸的艾比郎。不过火箭队这次又跑来捣蛋．．．
第30集--小磁怪的电气老鼠之梦
皮卡丘来到电厂附近就感冒了。小智带他去神奇宝贝中心治疗，因为全市突然停电而无法医治，为了救皮卡丘，小智跑去电厂查明原因，在那里遇到了臭泥．．．
第31集--好多地鼠
地鼠群使得工地现场一片混乱。不知为什么，前来赶地鼠的神奇宝贝训练家们，包括小茂的在内，他们的宝贝球都叫不出神奇宝贝，这到底是怎么回事呢？
第32集--浅红道馆的忍者决斗
小智一行人来到一所遍地机关的忍者屋。那是粉红色徽章的浅红道馆。道馆的馆主阿桔一再派出了有剧毒的神奇宝贝，小智要怎样运用战斗呢。
第33集--火焰的神奇宝贝大赛跑
拉拉美族的富子被陷害受伤，小智只好代她骑着小火马参加比赛。火箭队跟都利夫达成协议，要帮助都利夫得到冠军，而在一路乱设陷阱，使得比赛一团混乱。
第34集--袋龙的摇篮曲
小智以为他们来野生原野区了，见到神奇宝贝就想收服，被君莎给阻止，原来他们只是在边境而已。小智在这里认识跟袋龙住在一块的达山，以及前来寻子的达郎的爸妈。
第35集--迷你龙的传说
小智等人来到野生原野区认识西泽，看到传说中的神奇宝贝迷你龙。迷你龙在三十年前引来一堆训练师大肆猎捕神奇宝贝，导致野生原野区的神奇宝贝几乎绝迹，这件事成了西泽心中的痛。
第36集--暴风雨的单车路
小智等人为了到阳光镇，必须过一座大桥才行，可是照规定，桥上只准单车通行，幸好乔伊拜托小智三人送药到对岸去，并借出单车，但却碰上了暴风雨来袭....
第37集--百变怪跟模仿少女
突来的倾盆大雨使得小智一行人不得不找地方避雨。虽然小霞满腹牢骚，小智等人还是踏入了那间建立在空旷原野上的阴森小屋。可是小霞的预感果然没错，小屋里有奇怪的动静，这该不会是鬼屋吧？害怕的小智等人其实只是来到演艺屋，百变怪的训练师伊美蒂居住的小屋。小智对百变怪深感兴趣，提出让皮卡丘与百变怪来神奇宝贝决斗。
第38集--皮卡丘的森林
