第3集--收服神奇宝贝
白天更加漆黑的常盘森林，充满了许许多多的昆虫神奇宝贝，小智收服的第一只神奇宝贝─绿毛虫，却喜欢着害怕毛虫的小霞，产生了一些趣事。在收服了第二只神奇宝贝─比比鸟之后，火箭队为了夺取「皮卡丘」的行动，而比比鸟又在阿柏蛇及瓦斯弹的双重攻击下受伤；绿毛虫却以反败为胜的姿态更进化成铁甲蛹。
第4集--武士少年的挑战
武士少年对小智提出了神奇宝贝的挑战，致使刚被比比鸟收服的独角虫逃离了，连着两次上场的比比鸟也因此而落败；铁甲蛹的坚硬赢了大甲的攻击。大针蜂的群体攻击使得小智们落荒而逃，而铁甲蛹也被大针蜂给夺走了，小智为了夺回铁甲蛹与大针蜂再次正面冲突，此时的铁甲蛹又进化了；借着巴大蝴的秘技─睡眠粉，小智一群人平安地度过了这次危机，而小智更朝着成为神奇宝贝大师的旅途继续努力。
第5集--尼比市的决斗
离开常盘森林来到了尼比市，与小刚进行第一次决斗，在皮卡丘的特训之下，终于赢了大岩石，得到了第一个徽章。也与第三位伙伴─小刚，一同踏上成为神奇宝贝大师之路。
第6集--皮皮跟月亮石
神奇宝贝的研究员─李科，以及破坏捣蛋的火箭队，聚集在拥有月亮石的月见山；在一场保卫战之后，小智等人和皮皮们终于赶走了坏人，在月见山过着幸福快乐的生活。
第7集--花蓝市的水中花
为了获得徽章，小智与小霞展开了一场战斗，但却遇上了火箭队的捣蛋；皮卡丘再次发挥实力，让小智获得了第二个徽章。
第8集--通往神奇宝贝擂台之道
小智与连赢九十八场的小明相遇了；穿山鼠连胜比比鸟及巴大蝴，火箭队却偷走了穿山鼠，在一串战斗当中，历经严格训练的穿山鼠，终于连胜一百场。
第9集--神奇宝贝必胜指南
小智三人在森林中迷路，白茫茫的雾中见到一位少年被围起来欺负。原来他们都是神奇宝贝学校的学生。小智为了替小淳出气，打败优点骄子。
第10集--神奇宝贝乡的妙蛙种子
迷路的小智等人掉落河里，获救后一路又是陷阱又是坑洞，最后到地图上没记载的神奇宝贝村。许多受伤被抛弃的神奇宝贝就在这里疗伤。好心收留它们的女孩名叫小翠。小智为她打败图谋不轨的火箭队，最后小翠叫妙蛙种子跟随小智离开，磨练自己。
第11集--走失的小火龙
小智三人向枯叶市前进途中，在山头遇见一只体力衰弱的小火龙。它在岩上不知是在等谁,小智收服失败后来到神奇宝贝中心，在那里遇见佑大。他就是抛弃小火龙的饲主。最后由于小智救了小火龙，在小火龙的选择下，决定跟小智一起走。
第12集--杰尼龟军团登场
杰尼龟军团和火箭队连成一气欺负小智等人。皮卡丘接近死亡边缘被关起来。小智为了买疗伤的药而奔走。眼看约定的时间刻刻逼近．．．．
第13集--正辉的灯塔
小智一行人走出森林来到沙滩。在那里遇见了住在灯塔的神奇宝贝研究家正辉。他在那里等候全世界只有一只的神奇宝贝。最后浓雾的另一边出现巨大影子，传说中的神奇宝贝真的存在吗？
第14集--电击对战枯叶道馆
