第82集--真新镇！新的出发！
小智回到真新镇以后,大木博士立刻为了奖励小智在比赛中的优异表现而在研究所召开宴会。这次火箭队又照惯例的出场了,原来他们想把宴会中出席的神奇宝贝全部抓走!于是宴会现场一片恐慌……
第83集--飞行船是不幸船？
小智等人为了替大木博士拿东西决定前往橘子群岛的岱柑岛。但是怎样去呢?这个问题就考倒小智等人了。正好这时某家店在办抽奖活动,被小智凑巧抽中飞行船的机票。虽然有办法去岱柑岛了,可是任谁作梦也没想到,飞行船的服务员是火箭队…到底,什么样的旅行在等着他们呢?
第84集--南国神奇宝贝与ＧＳ球
小智一行人好不容易抵达岱柑岛,在那南国艳日的阳光中,开始寻找内木博士的研究所。唯一线索在岛上的神奇宝贝中心,到了那里,被晒成黑铜色的乔伊出来迎接,带领小智等人到博士的研究所,找到博士与不可思议的神奇宝贝球。
第85集--拯救乘龙
小智等人在飞行船上睡着了,不知飞行船正向树叶一样开始下降。坠落到树林繁茂的岛上以后,小智等人到处找人求救,却一个人也没看到。这里是无人岛吗?就在这么想的时候,一大团的观光客出现了。小智他们跟着观光客走,在观光船的港口看到到处都是"欢迎到碰柑岛"的招牌。就在观光地走着走着,小智看到被小孩子欺负的小乘龙的影子…
第86集--橘子联盟夏干道馆
小智等人来到夏干道馆向训练家敦美挑战。在竞赛的时候，火箭队又出来捣乱。在一场混乱后重新开始比赛，乘龙的表现出人意料，打败了水箭龟。
第87集--消失的神奇宝贝之谜
亚马多和小三郎利用素利普的超能力，催眠金柑岛上所有神奇宝贝加以捕捉。小智为了救回皮卡丘，和君莎等人一起对抗素利普的超能力，处于劣势的小智等人会有何下场呢?
第88集--水晶大岩蛇
小智一行人这次来到椪柑岛、发现正美漂流到海上的瓶中信、为了让哥哥得到灵感希望能够得知大岩蛇的消息、经过小智一行人的努力、终于让哥哥阿功找到大岩蛇、得到制作水晶制品的灵感。
第89集--粉红神奇宝贝之岛
小智一行人这次来到了罕见的平柑岛、岛上的神奇宝贝全部都是粉红色的、火箭队一行人自然不会放过这个千载难逢的好机会、在小智等人齐心协力之下将他们赶走、继续让粉红岛保持神秘、留给这些粉红神奇宝贝一个宁静的生存空间。
第90集--化石盔化石的秘密
小智三人意外的碰上一组采访化石盔化石的电视台工作人员、表示愿意帮忙、不信岛上老人田所先生的规劝：破坏小岛将会引发大灾难、谁知当化石盔一碰上红色的月光就复活了、小岛也因而沉没、好在他们及时做了竹筏、逃过一劫。
第91集--跳吧！神奇宝贝豪华友轮
小智一行人这次来到豪华友轮上、看到各种神奇宝贝说唱逗趣、煞是热闹、谁知又碰上武藏一行人来捣蛋、想要把神奇宝贝抢走、在大家奋力合作下、终于保住了轮船、也让凯儿和她的神奇宝贝雷丘关系更加亲密。
第92集--再见了可达鸭，又来了哥达鸭?
小智一行人这次来到一个岛上休息，认识了同样是水系神奇宝贝收藏家的小桩，小霞和小桩提议拿自己的神奇宝贝较量一下，原以为可达鸭已经进化成了哥达鸭，原来是一场误会。
