康熙年间，在一片太平盛世、国泰民安景象之下，却潜伏着种种危机，暗流涌动。而这一切的一切，只是在等待一个时间，一个机会。随着岁月的洪流，将会一一浮出水面。
康熙帝去少林寺找方丈密谈，方丈连夜叫七个徒弟，与康熙派的三位官员，护送一个宝盒去西域。这些问题密谈的二人和康熙的心腹大臣高官员外，再无他人知晓。也正是因为这个宝盒如此神秘，引起其它势力的猜测与躁动。
首先此事惊动的便是太子党。索额图当夜陪康熙去少林寺与方丈见面，但密谈之时康熙让他与其他一干人等在少林寺外护驾，所以索额图并不知道这件事的详情。（转载注明：剧情频道）回宫后，索额图向太子禀报此事，引起了太子的极度恐慌。因为太子害怕此事与被流放到西域的一个妃子有关，对自己的登基之事不利。另外也想知道此事的究竟，所以他一方面让索额图派小诸葛去抢截护送宝盒的队伍。另一方面派人去少林寺骚扰、威逼利诱，让方丈说出实情。
其次，这次秘密送宝盒的行动也被反清势力——“西鲁天会”得知，西鲁天会也想知道这次行动用意何在，他们一面派长相和三师兄十分相似的仇清，以及仇清训练的五煞去少林寺打探消息，一面派人去刺杀“叛徒”樱花以及抢夺宝盒。
护送宝盒的一行众人在 路上遇到了冰玉和樱花女二人，大家从高官员那得知，樱花女就是本次任务要接头的人。可是遭到了冰玉的阻挠，与众人大打出手，将樱花女带走。原来樱花为西鲁天会大将军万寿山的女儿，被万寿山训练成为杀手，但在刺杀康熙的过程中，却被康熙的气概所打动，放弃了刺杀念头。万寿山知道此事后，十分恼怒，便派人追杀樱花。而视樱花为姐姐的冰玉，偷偷跑出西鲁天会，去寻找并保护樱花不被追杀。在向西鲁天会一步一步接近的路上，原本远离尘世的几位师兄，又卷入到红尘之中，各自的身世之谜也逐渐清晰。
西行众人为了完成任务，一路千辛万苦，出生入死，宝盒的秘密也渐渐水落石出。原来，康熙为了天下太平，将当年明朝留下的半张藏宝图送往西域的反清势力，欲对其招安，此举意在表明和谈的诚心。可是西鲁天会的实权人物万寿山却对此不为所动，仍要不惜一切代价地与清朝对抗。
最后，作为西鲁天会堂主的冰玉，不满于万寿山的执迷不悟，在救出高官员与哈官员后，欲逃出西鲁天会，怎奈万寿山早已派出重兵围堵冰玉。在冰玉突围搏杀之时，平时胆小懦弱的哈官员趁人不注意，竟然杀死了高官员。原来哈官员作为索额图的心腹，在拿到藏宝图后，为了灭口而杀死高官员。赶来救援的师兄弟们连连击败西鲁天会的大将，万寿山在看到大势已去后，便与所有人都以为死了的白官员密谋诈降刺杀康熙…….
康熙在京城高兴地准备迎接西行众人的归来……
古装剧《少林寺传奇Ⅲ之大漠英豪》分集剧情介绍：
《少林寺传奇Ⅲ之大漠英豪》分集介绍：第一集
清康熙年间，少林寺受康熙皇帝委派，七个和尚护送三个官员到西部去完成一项秘密使命。除了康熙和少林寺方丈，没有人知道他们要去干什么。一石激起千层浪，朝廷内外各路人马对此次任务十分好奇，纷纷介入此事。
已经离开京城百余里的西行众人，在山谷里遭遇不明奇雾，被困在雾中的众人屡遭暗器袭击，哈官员被飞出的绳索拉走，白官员骑马追去。而其他则全力保护背着宝盒的高官员。大雾渐渐清晰，一伙土匪从大雾中杀出拼命抢夺宝盒，将西行众人冲散。一番激斗，众人刚刚夺回宝盒，不料却被山里的猴子偷走，好在依靠白官员将宝盒再次拿了回来。白官员正要回去与众人会合，不料东煞、西煞二人突然杀出，招架不住的白官员灵机一动，又将宝盒扔给猴子。而高官员方面，他见此地不宜久留，便决定放弃哈官员和白官员迅速离开。可行路的马车已经被打散架，无法继续使用，于是五师兄和八师兄分别背起了炊具和行李继续赶路。
与世无争的佛门境地少林寺，在康熙与方丈密谈后也屡次出现不速之客。刀疤脸潜入进少林寺，欲刺杀方丈，谁知却被风流公子所救。原来风流公子也是来者不善，在没有问出话后抬手欲杀方丈，幸好及时赶来的四师兄拦住了风流公子。在对方丈刺杀未果后风流公子身负重伤逃走，方丈于心不忍便叫四师兄追去送金疮药。
另一方面，神秘白衣女子率领家丁正在赶往少林寺，为保密行踪一路上多次杀人灭口。正在为刀疤脸疗伤的方丈看到白衣女子满身杀气，便问其究竟，而白衣女子却称是来复仇……
《少林寺传奇Ⅲ之大漠英豪》分集介绍：第二集
西行众人收拾好行囊准备继续赶路时，高官员却突然发现宝盒不见了，气急败坏的他拿起刀就逼着和尚们去找，倔脾气的五师兄因不服从命令险些与其大打出手。白官员方面，在丢掉宝盒后准备与众人会合，可二师兄却要抢回宝盒再走，白官员拦住二师兄并从身后拿出宝盒，原来当初在打斗之时，白官员用了调包记！
东煞与西煞追赶拿着包裹的猴子，却见猴子将包裹拿给了小诸葛，小诸葛看看包裹没什么价值，便扔给他二人。东煞与西煞打开宝盒后却不见珠宝，恼怒之下决定继续追杀西行众人。
四师兄拿着金疮药一路追赶风流公子，忽然看到受伤的风流公子倒在草地里，四师兄连忙过去为其包扎止血。四师兄看着昏迷不醒的风流公子，决定背着他回到少林寺，但在背上的风流公子苏醒后，却拿匕首刺穿了四师兄的胸膛，昏迷后的四师兄被官兵搭救。
少林寺方面，白衣女子单独与方丈密谈，并告诉方丈她此次是来寻找仇人的儿子，并邀请方丈交出她要找的人。
