阿泰尔的革新和蒙古的威胁
在艾尔慕瓦林死去不久，刺客们为了除去新的圣殿骑士首领Armand Bouchart，他们短暂地把影响力扩张到塞浦路斯并迫使他的部队撤退。
而在12世纪末，兄弟会和圣殿骑士都开始撤退到影子中继续活动，而作为必须的改变，刺客们放弃了他们一直的城堡和建立于艾尔慕瓦林下的仪式——禁止反对使用毒药和移除无名指使刺客变成残废。
在阿泰尔生命末期，兄弟会曾动员对抗成吉思汗带领的蒙古军队，而在1227年，一个蒙古刺客Qulan Gal成功地从马背射杀成吉思汗（编注：刺客信条小说版的说法是射中成吉思汗的马背，然后成吉思汗掉下马而死），而他的行动引起了蒙古方面的报复行动。在1256年，成吉思汗的孙子忽必烈带领军队攻击兄弟会，并毁灭掉兄弟会在地中海东部大部分的据点。
意大利文化复兴
从15世纪开始，刺客的活动中心从地中海转移到了意大利，当时文艺复兴正从佛罗伦萨开展，而此正正提供了一个非常适合的环境让刺客和圣殿骑士们从新活动。此时圣殿骑士的领导是Rodrigo Borgia，当然他还有另外一个让人更加熟悉的身份，教宗阿历山大六世，他希望获得意大利城邦的控制，而刺客们则与之从他们的大本营蒙特里久尼（Monteriggioni）开始与圣殿骑士的对抗直到1500年，阿历山大六世的儿子凯撒博吉亚摧毁掉了刺客们的大本营，迫使他们不得不在罗马重新集结。
刺客们被赶走了，但不代表他们因此被战胜，如在迈斯塔夫的刺客们一样，罗马的刺客适应了他们的新环境并制定了新的策略，他们在台伯河岛（Tiber Island）建立了新的藏身处并开始了新的作战。在罗马的时候，刺客的战术也开始进化，他们倾向于赢取人们的支持并用此解放罗马，正因如此，刺客教团从城市中获得了力量，发展商业，寻找革新并在罗马吸纳新的教团成员。
随着凯撒博吉亚死于1507年，刺客重新从圣殿骑士中掌握了罗马的控制，并使的兄弟会得以在16世纪复兴，不但其成员数目和资源得到提升，而且还改变了他们之后的策略。
二十世纪和以后
随着罗马的解放，刺客的思想也随着社会的改革而改变，因此到了二十世纪末，兄弟会开始更着眼于社会和政治活动而不在是单纯的暴力行为。
然而这种转变过于单薄也难以全面控制，在俄罗斯，该地兄弟会直接帮助了Narodnaya Volya活动，当然了他还有另外一个名字：人民的意志。该组织在19世纪开始活动并意图推翻俄国沙皇政权。他们的成员被烙上了暴力对抗皇室的恐怖分子的旗号，而他们也成功地在1881年刺杀了沙皇阿历山大二世并试图在1888年对其继承者阿历山大三世下手。
兄弟会也与二十世纪的欧洲的历史走势有密切的关联，特别是在1917年的布尔什维克革 命和在二战末期刺杀希特勒。
二战之后，刺客开始变成一个个激动人心的例子，作为从帝国主义转到全球化，兄弟会在此做出了改变，圣殿骑士与刺客之间的战争也上升到公开冲突，而他们现在的武器已经从刀剑变成了子弹和报纸。
兄弟会遵从的无暴力社会改变没办法从圣殿骑士的复仇中拯救它，2000年十一月，一个卧底圣殿骑士Daniel Cross潜入兄弟会总部并杀死了兄弟会最高领导人，与此同时，Cross更把刺客用于训练学徒的训练营的位置告知了圣殿骑士。
从2000年11月开始标志着刺客兄弟会终结的开始，而在之后的12年里边，圣殿骑士继续着捕杀分散于各地的刺客们，而他们的未来也变得不可预测；他们的资源和选择也大幅减少，但，无论时代如何变迁，境况如何凄惨，他们依然是圣殿骑士团最强大的敌人……
