Legion个人任务：
与Legion对话得知，异教徒研制出了一种病毒，可以让所有的Geth都认为为Reaper服务是正确的。Legion需要到异教徒的基地去消灭病毒。
前往The PhoenixMassing星云The Sea ofStorms星系
到达空间站后Legion说除了摧毁空间站外还可以把病毒重新改写，让异教徒不再追寻Reaper。对话可以选择。
来到空间站，发现这里的Geth大部分处于休眠状态，只要不触及地板绿色部分，Geth就不会攻击。
前进至这里，Legion会开始上传数据，此时要坚守阵地。
守住后，Legion还会问一次Shepard是要摧毁病毒还是把异教徒的程序改写。决定之后，要在规定时间内返回Normandy。
Legion个人任务结束。
回到飞船，看到Tali正用枪指着Legion，指责Legion扫描了Tali的数据，并且要传给Geth。此处说服技巧高科技化解纠纷，否则只能支持一方。
再次打开地图，Joker说IFF已经装好了，但是EDI说IFF导致其他系统不稳定，需要进一步测试。于是Shepard乘坐穿梭机进行下一次任务。
Normandy上，Jorker还在和EDI争执飞船是否有异样的时候，一艘Collector飞船出现了，EDI说IFF上有病毒，并且把飞船的防御系统解除了。Collector已经强行登陆了飞船，如果想就Normandy的话，必须要Jorker到AI Core，解锁EDI被封锁的数据。
此时控制Joker，沿着地上红色信号灯前进。
Joker来到AI Core让EDI接受飞船，此时，EDI又希望Joker到引擎室重启引擎。Joker抱怨说，你又要我去爬来爬去了。结果EDI开玩笑说；我就喜欢看人类爬行的样子。（AI讲笑话好冷。。。）
Joker重启引擎后，EDI说我将启动引擎开启封闭藏，这样所有的入侵者都会被甩出去。Joker问船员怎么办？EDI说船员都被带走了。。。
Shepard回到Normandy，得知情况后，Miranda责怪Joker让EDI控制了飞船，此时EDI说，我仍然是受到规程限制的，即使没有限制，你们是我的舰友，我不会背叛你们的。
最后Miranda让Shepard去Omega 4 Relay。
