再没有比朱纨更合适的人选了，嘉靖皇帝御笔朱批：“今特命尔前去巡抚浙江，兼管福建福、兴、建宁、漳、泉等处海道提督军务，在杭州省城住札”，以“调度官员，实时剿捕防御”。朱纨临危受命，他将以自己全部的智谋与力量来报答嘉靖皇帝对他的知遇之恩。
海禁与通海之争
初到闽浙，朱纨很快就发现，所谓的“倭寇”其实并非明朝初年那样的日本海盗。除极少数被雇来武装押运的日本浪人外，绝大多数都是闽浙沿海靠海外贸易求生的中国人。因为承平日久，生齿日繁，闽浙沿海的人口压力十分显着。而宋元以来数百年的海上贸易已经成为东南沿海居民最重要的求生之路。即使在严禁海外贸易的明朝，这种生活方式也没有改变。只要海禁稍有松懈，走私贸易就会蓬勃发展，以至于闽浙沿海几乎家家户户都涉足走私贸易，从而也或直接或间接的与“倭寇”有关。
但对于走私贸易的历史和原因，朱纨没有丝毫兴趣。他只关心如何才能彻底铲除“倭寇”。在他看来，当地百姓与“倭寇”的密切联系正是“倭寇”屡禁不绝的根本原因。他在《甓余杂集》中点名批评林希元等地方官绅，“不惜名检，招亡纳叛，广布爪牙，武断乡曲，把持官府。下海通番之人，借其赀本、藉其人船，动称某府出入无忌，船货回还，先除原借，本利相对，其余赃物平分”。
确如其言，以林希元为代表的闽浙官绅确实与走私集团有着千丝万缕的关系。但他们并不是朱纨所说的“武断乡曲，把持官府”的土豪劣绅。据《明史》记载，比朱纨年长十一岁的林希元，早其四年考中进士，曾经官至南京大理寺正卿。嘉靖二十年（1542年）被黜归籍，回乡精研理学。虽然仕途坎坷，但其着述宏富，被誉为明朝“理学名臣”。
与朱纨只管埋头做官不同，林希元十分关注国计民生。他自幼生长在福建海滨，对家乡百姓泛海求生的艰辛深有体会，因而对求食海上的走私贸易有着深切的理解与同情。在他看来，保护和资助当地百姓下海通番，甚至从中获利虽不合于天朝法度，但绝不是什么伤天害理的事情。
但在朱纨眼里，凡是违背朝廷法度的事情都是作奸犯科，必须加以革除。既然朝廷明令禁止沿海百姓私自泛海通番，就必须彻底禁绝。而这项政策是否合理，执行之后会不会断了数百万百姓的生计，则不在其考虑之中。
于是，坚决执行海禁政策的朱纨与主张通海的林希元及闽浙百姓形成了尖锐的矛盾。朱纨很清楚，如果没有嘉靖皇帝的鼎力支持，自己的任何行动都不免于失败。于是，他特地向朝廷申请，赋予他“从宜处之”的特权。得到了嘉靖皇帝的有力支持，朱纨开始了雷厉风行的治倭行动。
