双屿战后，葡萄牙人移师福建沿海，与当地的葡萄牙人和中外私商汇合，占据厦门附近的浯屿筑成新巢。而明军在朱纨指挥下乘胜追击，包围了浯屿。
1549年初，恃险困守了3个月的葡萄牙人及其同伙不得不放弃浯屿，于正月二十五日“陆续开洋”。部分葡萄牙商人为讨回商欠重返福建沿海，结果在走马溪附近的灵宫澳下湾中了明军的埋伏。此役明军共歼敌239人，生擒葡萄牙人16名，中国海盗首领李光头及属下120人，朱纨在报捷奏折中写下了“全闽海防，千里肃清”八字，宣告福建抗倭斗争已经取得胜利。
在嘉靖倭患中，王直集团曾一度协助明朝政府剿灭四处劫掠的海盗，希望以此换取明朝准许自由贸易的要求。结果，海禁未开，自己却身陷囹圄，最终身首异处。与此相反，失去双屿、浯屿之后的葡萄牙人得到的是本国政府始终如一的支持。1553年，他们通过欺骗手段取得在澳门的居住权，重新建立起新的贸易网络，并一度垄断整个亚洲地区的海洋贸易。
震惊朝野的“朱纨案”
事态的发展并不像朱纨想象的那么顺利。
漳州百姓几乎家家都参与走私活动，走马溪一战立即引发了他们的恐慌心理。每天都有数以万计的漳州人前来围观被俘的走私贩。百姓听到官军的捷报，不仅无人奔走庆贺，反而指责官军攻击民船，擅自杀人。朱纨在军事上的胜利并不能根本阻遏漳州百姓泛海通番的旧习，于是，再度利用嘉靖皇帝授予其“从宜处之”的特权，未等审问明细即下令将贼首李光头等96人斩首示众。
然而，朱纨的斩杀俘虏、草菅人命的行为非但没有震慑漳州百姓，反而引起朝野一片哗然。英国汉学家博克舍在《十六世纪中国南部行记》中写道：“百姓们都谴责他们滥杀和酷刑，因为在中国如无皇帝批准而杀人，是一件不寻常的事”。朝中众多官僚，尤其是闽浙籍官员也极为不满。
兵部侍郎詹荣、巡按福建御史陈九德、兵部尚书翁万建等人相继上奏弹劾朱纨，罪名就是“擅杀”。对于众人的指责，朱纨上章辩解：
“臣看得闽中衣食父母尽在此中，一时奸宄切齿，稍迟必贻后悔。漳州反狱入海，宁波教夷作乱，俱有明鉴。兵机所系，间不容发，先人夺人，事当早计，一面差官赍捧钦给旗牌驰赴军前行事，一面具本于本年三月十八日题请。”
事实上，朱纨的辩解根本经不起推敲。从时间上看，走马溪之战发生在正月二十日，而朱纨直至杀了李光头等96人之后，才在三月十八日向朝廷六报闽海捷音，说“生擒佛诬蔑郎机国王三名”等，其中必有不可告人之隐情。