事实果真如此。葡萄牙人克路士记录了一段惊人的秘密：
走马溪之战后，卢镗“拼命劝诱4名看来比中国人神气的葡萄牙人承认他们是马六甲王。他终于劝服了他们，因为他答应待他们比中国人好，同时又以利诱。他在夺获的衣物中找到一件袍和一顶帽，就问一些和葡人同时被俘的中国人那是什么服饰，他们让他相信那是马六甲王的衣物，所以他马上命令照样再做三件袍和三顶帽，这样他把他们四个人都打扮成一个模样，使他的欺诈变真，使他的胜利更加辉煌。”不仅如此，卢镗还企图私吞船上的货物。“为了更安全做到这一点，不被人一眼识破骗局，他对那些和葡人同时被俘的中国人施行大处决，杀掉其中一些，还决定要杀余下的”，“他奉命动向去见海道（实际上是朱纨）；他命令准备四乘轿子给那四个叫做叛王的人坐，体面地送他们去。其余葡人则坐囚笼，头露出，脖子用木板夹紧，使他们不能把头缩进去，受伤的人亦如此，沿途暴露在阳光和露天里”。朱纨发现了卢镗的阴谋后，非但没有将其问罪，反而与之共同编织谎言。“他们一致同意，为保守秘密，卢镗应继续干他开始干的事，也就是杀掉在那里被俘的所有中国人。他们即刻命令执行，因此共杀了九十多名中国人，其中有几名小孩。他们仍留下三、四名青年和一个男人，通过这些人，他们可以向皇帝证明他们所冀图的，那就是指葡人为盗，隐瞒了他们夺取的货物，也通过他们证实那四人是马六甲王。”嘉靖皇帝指派杜汝桢、陈宗夔详细勘查后得知：所谓葡萄牙人其实是满剌加国（即马六甲）商人，每年私招沿海无赖之徒，往来海中贩卖外国货物，未尝有僭号流劫之事。克路士报道的主要情节与杜汝桢的报告基本一致，朱纨擅杀之罪证据确凿，闽浙官僚们对朱纨的弹劾也的确不是罗织罪名。
要求朱纨停职检查的消息传到杭州，朱纨泪流满面地哭诉：“我既贫且病，而且脾气倔强，决不肯跟奸佞对簿公堂！我是死定了！即使皇上不要我死，福建、浙江参与海上走私的人也必将至我于死地。横竖是死，我宁可自己了断，也不愿死在他人手里。”临死前，朱纨给自己写好了墓志，还作了一首绝命词，然后服毒自尽。
根据杜汝桢的报告，嘉靖皇帝对朱纨案裁定如下：朱纨身负大罪，反上疏告捷。而卢镗、柯乔与朱纨相佐，应以首犯论处，其他官员如通判翁灿；拒捕顽抗的葡萄牙人方叔摆等4人当处死，其余佛南波二者等51名当安置；现存通番奸徒当如律发配发遣。
余波
朱纨平寇以后，闽浙沿海的百姓并没有过上安宁富足的好日子。恰恰相反，因为走私贸易不畅，他们的生计反而更加困难。《明史》记载：“闽人资衣食于海，骤失重利，虽士大夫家亦不便也。”而朱纨捣毁双屿港后，舟山的走私海商分裂成主张通商的互市派与铤而走险的寇掠派。互市派的王直集团逃至日本平户后，四年不再回国；而寇掠派的林碧川、萧显、徐海等集团则据舟山群岛为寇据地，四出流劫，终于蔓延成一场旷日持久的嘉靖倭患。
