整顿海防
朱纨到任后，仔细走访沿海各地，针对严重的“倭患”，采取了釜底抽薪的策略：
他首先从海上贸易的交通工具入手。下令各寨、澳、巡司，民船以载重量三百石、长四丈、宽一丈二尺、吃水深度六尺为限，过限民船必须在半个月之内到官府注册。对违式大船（包括所有民间双桅以上大船），下令酌情付给官银，全部“承买编号在官”，且所编字号要大书，深刻桅下横木，以防调换，以备点检。已在官府注册的民船，仍令原主驾驶看守，但由官府统一管制调用。在此限以内的民船，则仍令其在海上往来谋生，但不许其假借乡官旗号出人，官府亦不予编号。
其次，朱纨又从人员的管理入手，强化了保甲制度。他认为：“惟沿海官兵保甲，严加防范，使贼船不得近港湾泊，小船不得出港接济。贼船在海久，当自困，相机追击，乃胜算耳。”保甲制度推行不久就收到了显着的成效，“旬月之间，虽月港、云霄、诏安、梅岭等处，素称难制，俱就约束”。
为了加强对走私行为的打击力度，朱纨还利用嘉靖皇帝特批的“便宜行事”之权，对走私行为施以重典。他要求属下对佛郎机（葡萄牙）、倭寇、中国海盗，以剿灭斩杀为主，以安抚为辅。
除此之外，朱纨还集中力量整顿军队，加强海防。他设置了一些军事防御设施，添置了战船，并培养了一支训练有素的部队。
经过一番整顿，闽浙沿海气象一新，沿海居民私自下海的情况大为减少。但朱纨心里很清楚，就在距宁波不远的双屿，以及福建漳州附近的浯屿、月港等地仍然盘踞着大量的海上势力，他们随时都有可能挂帆登岸，使朱纨的努力功亏一篑。经过近一年的筹备，朱纨决定进攻海盗的大本营双屿。
明朝始终坚守的朝贡贸易体系，已经受到了走私贸易的强烈冲击。如果任由其发展，不仅将导致明王朝丧失东亚海上贸易的主导权，而且势必导致明王朝苦心经营的整个朝贡贸易体制解体，而这更是明王朝统治者所不能容忍的。
走私者的乐园
双屿，位于浙江之外海，悬居海洋之中，“去城（舟山）东南百里，南洋之表，为倭夷贡寇必由之路”，扼南北航线和中日航线之要冲，“乃海洋天险”。明初，双屿被列为“国家驱遣弃地”，岛民全部内迁，无人居住，遂成为走私贸易船泊聚的理想场所。每当海禁严厉时，浙江本地的走私商人往往引诱外国商船到此贸易，而那些原来在广州贸易的外商，因“欲避抽税，省陆运”，亦纷纷由他们导引改泊双屿，每岁夏季而来，望冬而去。
